食用菌栽培使用優質的菌種是獲得高產的保證，優質菌種的條件之一是無雜菌的純培養菌種。無雜菌的純培養菌絲體在基質中得到充足養分，良好的理化環境，菌絲體可以最大限度地生長發育。如果我們使用的菌種已帶雜菌，雜菌對養分的吸收、對環境的適應性都會比栽培菌絲有優勢，而且雜菌在基質生活，營養代謝過程產生的產物會改變原來基質的理化水平，就會不利栽培菌生長，甚至無法生長。我們在制作培養基的過程，原料本身都會帶有雜菌的，所以菌種培養基配制后必須經過滅菌，并經嚴格抽查滅菌效果，才可進行接種，否則會造成很大的經濟損失。
培養基滅菌有物理法和化學法，其中較多使用、而且效果好、效果穩定的是物理法的熱力滅菌法?，F把幾種常用的方法介紹。
一、高壓蒸汽滅菌：要求有高壓蒸汽鍋，技術指標最高溫達攝氏140度或2公斤/平方厘米壓力。物品在密閉容器內，水經過加熱產生高壓蒸汽而提高溫度達到殺菌的目的。一般培養基可用攝氏121度保持20分鐘即可達到滅菌效果，已經把菌絲營養體、孢子、芽孢全部殺死。但如果基質內含有葡萄糖、馬鈴茨、豆芽汁、維生素等物質則應用攝氏115度保持20分鐘為宜，否則過高溫度會破壞營養物，而產生有毒物質不利于食用菌生長。木屑、蔗渣、棉籽殼、麥粒、草料、糞干等物質原來含菌量較大而且含水量較少，宜用攝氏129度保持1―2.5小時滅菌。
二、常壓蒸汽滅菌：物品在鍋內以常壓蒸汽進行滅菌。通常蒸汽溫度為攝氏95―105度，因此滅菌的時間要求6―8小時才能達到效果。這種方法適合人力，燃料充足，未有能力購置高壓蒸汽鍋的地方使用。這種方法對保持培養基的養分較好。
三、間歇性滅菌法：對不宜超過攝氏100度高溫的物品較好。培養基置鍋內經攝氏100度高溫蒸1小時，殺死雜菌的營養體，保溫在攝氏25―30度24小時，殘留的孢子萌發成營養體。進行第二次蒸煮1小時，把萌發的孢子殺死。同法，進行第三次蒸煮1小時，保溫等做法，即可達到完全滅菌的效果。
四、過濾除菌：一些不耐高溫的物品經過機械阻留的技術把雜菌除去。如血清、維生素、氨基酸等物多用此法除菌。要求設置抽濾瓶和空氣壓縮機才能進行。
五、化學藥劑滅菌法：常用的化學劑有氯化汞、高錳酸鉀、漂白粉、福爾馬林、酒精等。在食用菌栽培中，這些化學劑的滅菌效果不穩定，而且有些影響到產品的安全性，如氯化汞不宜用于食物，而多用于表面消毒或環境消毒。
