菌蓋是子實體最明顯的部分，好象一頂帽子。形狀多種多樣，一般常見的有鐘形、斗笠形、半球形、平展形、漏斗形等。菌蓋顏色十分復雜，雖然可以基本上辨別出白、黃、褐、灰、紅、綠、紫等顏色，但是各類顏色中又有深、淺、淡、濃的差異，更常見的是混合色澤。幼小與老熟時它們的顏色可以不同，中央與邊緣顏色更是常有差異。表面有干燥的、有濕潤的、有粘的，有光滑的、有粗糙的，還有的具有各種附屬物：如纖毛、環紋、各種鱗片等。這些附屬物的形狀，大小、色澤又各有種種變化。菌蓋邊緣的形狀也不一樣，幼小時與成熟后的形狀可以完全不同。成熟后一般可分成內卷、反卷、上翹、延伸等。周邊有全緣而整齊的，也有呈波浪狀而不整齊或撕裂的。菌蓋表面有皮層。在皮層菌絲里含有不同的色素，因而使菌蓋呈現各種不同色澤。皮層下面便是菌肉，一般由長型的絲狀菌絲組成，有的則由膨大的泡囊狀菌絲組成。菌肉顏色以及受傷后顏色的變化，常因種類不同而不同。一般菌肉多呈白色或污白色，有的呈淡黃色或紅色等。例如牛肝菌菌肉受傷后多變為青藍色，稀褶黑菇先變成紅色后變黑色，卷邊網褶菌傷后變褐色，而變黑蠟傘傷后變成黑色。
