【作者】王大莉 張金霞 邊銀丙 陳強 黃晨陽
【機構】華中農業大學應用真菌研究所中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所農業部農業微生物資源收集與保藏重點實驗室
【摘要】以15個香菇栽培品種為材料,對尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)進行了部分序列的單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。結果表明,測序中出現的雙峰,是菌絲雙核體細胞中兩細胞核之間的差異造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共發現48處多態性位點,發生頻率為1/65bp,其中36個屬于轉換、12個為顛換。從群體發生頻率上,38個屬于超過10%的常見SNP,10個屬于罕見SNP。不同基因的SNP發生頻率不同,uck1、mapk和exg1的SNP發生頻率分別為1.40%、0.82%和2.41%。外顯子區SNP數量高于內含子,3個基因在外顯子區域分布28個,內含子分布20個。外顯子的28個SNP位點中,11個為錯義突變,17個為同義突變。錯義突變引起了編碼氨基酸的改變。對SNP位點的聚類分析表明,15個栽培品種間存在的多態性位點在1–36之間,15個品種的SNP類型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品種的鑒別。
【基金】公益性行業(農業)科研專項(3-27)；
【關鍵詞】單核苷酸多態性; 外顯子; 錯義突變; 品種鑒別;