蘑菇的藥用價值可謂舉不勝舉：牛肝菌（Birkenporling）對于治療胃病療效顯著；著名的草地傘菌（Wiesenchampignon）可抑制一種惡性組織腫瘤在全身的擴散；日本學者研究發現牡蠣菇（Austernpilz）的萃取液可以降低血液中的膽固醇含量；桂竹香菌（Lackporling） 可以改善睡眠質量，促進食欲，同時降低心臟肌肉對氧氣的需求量； 落葉松菌（Larchenporling）的功效則與鼠尾草（Salbei）相似，它可以防治盜汗以及更年期婦女的頭部充血等；另外，省沽油菌（Klapperschwamm）是歐洲菌種之一，卻是通過它的日本名字舞茸菌（Maitake）才為人所熟知。研究證明它可以保護肝臟，降低血糖含量，同時抑制肝肺腫瘤生成。
木耳（Judasohr）生長于熱帶與亞熱帶地區，它的藥用價值早在400多年前便已被載入了醫書，它可以提高淋巴結細胞的功效，加快血液流動。那個時代的中國人亦將其作為重要的藥材。不僅如此，木耳還可以刺激免疫系統，使免疫系統吞噬病菌細胞功能達到最佳狀態。研究還發現，服用了木耳萃取液的支氣管炎患者，其康復速度明顯提高。
雞腿菇（Schopftintling）系草菇屬（Tintling），外形獨特，生有蓬頭和鱗片，菌柄上有環狀物。它是為數不多的可種植菌種之一，亦是用途最廣、功效最大的蘑菇之一：它屬于中醫的傳統藥方，可以降低血糖、治療便秘和痔瘡，枯死后甚至可用于制造墨水。蘑菇中的“明星”非香菇（Shiitake）莫屬。它從亞洲傳入西方，廣受歡迎，不久歐洲各地便開始種植。它的氣味與大蒜有些相似，但是美味無比，醫藥價值亦足可與后者相媲美。
香菇中含有麥角甾醇（Ergosterin），能夠促進骨骼生長。日本學者的研究證實香菇還有防治齲齒的功效：只需食用五克風干后的香菇即可防止牙齒損傷。原因在于香菇可以阻止齲齒細菌生成糖原，而糖原會引入微生物。
早在十四世紀，中國醫生便發現香菇具有治療潰瘍的功效。香菇多糖（Lentinan）能夠延長胃癌和腸癌患者生命，它可以訓練人類的免疫系統，使之提高對癌細胞的靈敏度，不放過任何漏網之魚。所以日本允許將香菇多糖作為免疫藥物使用。
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