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食用菌培育的核心是滅菌完全，也是最根底最單純的環節。滅菌不完全，后續生產都是徒勞無益，就會使成品率下降、乃至是悉數污染。滅菌的意圖無非就是運用高溫、高壓將培育栽種的微生物(含孢子)悉數殺死，到達一個無菌的狀況，以利于菌種在純凈的環境中順暢成長。
食用菌滅菌有物理法和化學法，其中較多運用、并且作用好、作用安穩的是物理法的熱力滅菌法?，F介紹幾種常用的食用菌滅菌辦法。
一、高壓蒸汽滅菌：要求有高壓蒸汽鍋，技能指標最高溫達攝氏140度或2公斤/平方厘米壓力。物品在密閉容器內，水通過加熱發生高壓蒸汽而提高溫度到達殺菌的意圖。一般培育基可用攝氏121度堅持20分鐘即可到達滅菌作用，現已把菌絲養分體、孢子、芽孢悉數殺死。但如果基質內含有葡萄糖、馬鈴茨、豆芽汁、維生素等物質則運用攝氏115度堅持20分鐘為宜，不然過高溫度會損壞養分物，而發生有毒物質不利于食用菌成長。木屑、蔗渣、棉籽殼、麥粒、草料、糞干等物質本來含菌量較大并且含水量較少，宜用攝氏129度堅持12.5小時滅菌。
二、常壓蒸汽滅菌：物品在鍋內以常壓蒸汽進行滅菌。通常蒸汽溫度為攝氏95105度，因而滅菌的時間要求68小時才干到達作用。這種辦法合適人力，燃料足夠，未有才干置辦高壓蒸汽鍋的地方運用。這種辦法對堅持培育基的養分較好。
三、間歇性滅菌法：對不宜超過攝氏100度高溫的物品較好。培育基置鍋內經攝氏100度高溫蒸1小時，殺死雜菌的養分體，保溫在攝氏2530度24小時，殘留的孢子萌生成養分體。進行第2次蒸煮1小時，把萌生的孢子殺死。同法，進行第三次蒸煮1小時，保溫等做法，即可到達完全滅菌的作用。
四、過濾除菌：一些不耐高溫的物品通過機械阻留的技能把雜菌除掉。如血清、維生素、氨基酸等物多用此法除菌。要求設置抽濾瓶和空氣壓縮機才干進行。
五、化學藥劑滅菌法：常用的化學劑有氯化汞、高錳酸鉀、漂白粉、福爾馬林、酒精等。在食用菌培育中，這些化學劑的滅菌作用不安穩，并且有些影響到產品的安全性，如氯化汞不宜用于食物，而多用于外表消毒或環境消毒。
