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黑木耳還有多種藥用價值，是一種珍貴的藥材。據《本草綱目》中記載，木耳性甘平，主治益氣不饑等，有補氣益智，潤肺補腦，活血止血之功效。
現代醫學研究表明，如果每人每天食用5-10克黑木耳，它所具有的抗血小板聚集作用與每天服用小劑量阿司匹林的功效相當，因此人們稱黑木耳為食品阿司匹林。阿司匹林有副作用，經常吃會造成眼底出血，而黑木耳沒有副作用，更受人們青睞。
黑木耳具有顯著的抗凝作用，它能阻止血液中的膽固醇在血管上的沉積和凝結。由于黑木耳的抗血小板聚集和降低血凝作用，可以減少血液凝塊，防止血栓形成，對延緩中年人動脈硬化的發生發展十分有益，不僅對冠心病，對其他心腦血管疾病以及動脈硬化癥也具有較好的防治和保健的作用。
黑木耳含有豐富的植物膠原成分，它具有較強的吸附作用，對無意食下的難以消化的頭發、谷殼、木渣、沙子、金屬屑等異物也具有溶解與氧化作用。常吃黑木耳能起到清理消化道、清胃滌腸的作用。特別是對從事礦石開采、冶金、水泥制造、理發、面粉加工、棉紡毛紡等空氣污染嚴重工種的工人，經常食用黑木耳能起到良好的保健作用。
