栽培種的接種栽培種是直接用于生產的菌種，其培養基的配方與母種基本相同，所用容器也與母種相同。栽培種的接種是把母種轉接到培養基上進行擴大培養，選用優質母種，按無菌操作程序進行。接種時先將母種的瓶口移向酒精燈火焰上，去掉蓋子或棉塞，轉動瓶口，使瓶口的周圍都得到火焰滅菌，再用鑷子去除母種表面的菌膜，然后用鑷子或接種匙取母種塊到栽培種的培養基上，蓋上瓶蓋，貼好標簽，于22～24℃在培養室培養。一般一瓶母種可接栽培種40～70瓶(圖3．19)。
銀耳的母種只使用菌種的上層部分，越往瓶下部銀耳菌絲越少(主要是香灰菌菌絲)，接種后影響出耳率。所以在使用銀耳母種時，要先把耳芽去掉，然后將上面1／3的菌種攪拌混勻，取混勻的菌種接入栽培種培養基表面即可。用于生產的銀耳栽培種使用時同樣只取菌種的上層部分。
(3)菌種污染的原因
菌種生產中，防止雜菌污染是母種和栽培種成敗的關鍵。造成雜菌污染的原因有以下幾種：
①在栽培種的接種塊上及周圍出現雜菌，而培養基的其他部位未發現任何雜菌，這可能是母種已被雜菌污染。所以要嚴格檢查母種的質量。
②瓶(袋)內培養基上、中、下不同的地方均出現雜菌，是由于培養基滅菌不徹底造成的。需要改善滅菌條件，改進滅菌方法。
③培養基表面出現雜菌，其他地方沒有污染。這可能是接種室(箱)消毒、滅菌不徹底，操作工具、手等消毒不嚴或棉塞太松，使得雜菌孢子從瓶口落入而造成的。
④棉塞上出現霉菌，然后蔓延到培養基內，這往往是由于棉塞過于潮濕引起的。
⑤菌種在培養后期，有時在培養基的表面出現雜菌，是由于培養室的環境不清潔，空氣中雜菌的孢子量過多，菌種瓶的瓶蓋或棉塞包扎不緊，雜菌孢子從縫隙侵入，造成培養后期的污染。
(4)菌種質量檢驗的目測指標
檢測菌種是為了判定所得的菌種是否為優良菌株；鑒定所分離得到的菌種或引進的菌種是否為所需要的菌種。否則誤用被污染了或老化的菌種或用錯了菌種，都會對生產造成很大損失。菌種檢驗的指標很多，這里介紹一下它的目測指標。以耳類菌種為例：
木耳原種菌絲白色，后略呈米黃色，似細羊毛狀，平貼培養基匍匐生長，菌絲短，前端整齊，生長速度為0．5厘米／天，13～15天長滿斜面。菌絲滿管后，菌落表面出現污黃色斑塊，并分泌色素，使培養基呈淺黃色至茶褐色。菌齡較長的原種，在斜面邊緣或底部出現膠質琥珀狀的原基。
毛木耳菌絲老化后，有紅褐色、珊瑚狀原基出現。
銀耳原種純銀耳菌絲白色，短而細密，菌絲先端生長整齊。在適宜培養基上生長，菌絲體開始呈斜立或直立狀，形成蓬松的白毛團，生長速度慢，日生長量為1毫米。培養一段時間后，在白毛團上可分泌白色或黃色水珠，形成淺黃色至黃色耳芽。
香灰茵茵絲原種菌絲白色，呈羽毛狀，短粗，有較強的爬壁能力，生長快，6～7天可長滿斜面，3～5天分泌黑褐色色素，使培養基變黑。菌絲老化時，表面菌絲呈淡黃褐色，并出現炭質黑疤圈。
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