常見病害有綠霉病等雜菌感染、細菌性腐爛??；常見蟲害有菇蚊。病蟲害防治以防為主，藥劑防治為輔的原則。選擇農藥必須高效、低毒、低殘留，符合無公害白靈菇生產要求。
1.綠霉病。白靈菇發菌期的病害由木霉菌引起，可造成菌袋污染。發病環境條件：發菌期間出現高溫高濕，空氣不流通，引起綠色木霉感染。防治措施：在拌料時添加3%-4%的生石灰，調高培養料的ph值，可有效抑制綠霉菌的發生。及早通風降溫，把感染雜菌的菌袋清除出菇房。保持發菌場所清潔衛生通風良好，菌袋點片發生綠霉時用5%石灰清液注射霉菌斑及周圍培養料，抑制綠霉菌生長。
2．鏈孢霉感染。鏈孢霉是食用菌生產中最常見的惡性雜菌，分生孢子堆呈橘紅色，又稱紅霉。菌袋感染后，在28-30℃的高溫、85%以上的高濕環境下，其繁殖速度極快，隔天即形成橘紅色分生孢子堆，稍有振動，孢子便散發到空中，傳播能力極強，容易造成整棚、整發菌室感染，嚴重影響成袋率。培養基ph值低于6.5，空氣相對濕度超過80%有利于鏈孢霉傳播感染。
處理措施：養菌室應每天觀察2-3次，發現鏈孢霉感染，不要慌，用蘸濕0.1%的多菌靈水溶液或柴油、酒精的破布、衛生紙等。輕輕包嚴患處，待分生孢子堆消失后，把病袋輕輕拿出，深理或燒毀。隨后用0.1%多菌靈藥液或100萬單位鏈霉素加水7.5千克噴霧，密封24小時通風，空氣濕度控制在70%以下。
預防途徑：養菌室應提前用0.1%多菌靈或鏈霉素噴霧消毒；配料中，把玉米粉用量降至4%，同時加入0.1%含量50%的多菌靈和1%-2%的生石灰，ph值調到9-10。出鍋時，菌袋防雨淋；涼袋、養菌處空氣濕度控制在70%以下；場地周圍應消滅傳染源。
3．細菌性腐爛病。出菇期病害引起白靈菇子實體為黃色水漬狀斑點其后腐爛，有異味。發病主要環境條件為菇房濕度太大，通風不足，水直接噴于子實體上，管理用水不浩，室溫過高，長時間超過24℃。防治措施：嚴格控制空氣濕度不超過90%，保持適當通風，水不與菇體直接接觸，使用清潔水，避開高溫天氣或采取降溫措施，防止昆蟲進入菇房。
4．常見蟲害。白靈菇生產過程中常見蟲害有菇蚊，菇蚊是阿魏菇的大敵，為預防菇蚊成蟲鉆入菌袋產卵，致使菇蚊大量吞食菌袋菌絲，導致絕收，應推遲菌袋脫袋時間，即當見到菌袋內出現阿魏菇子實體原基后，再拔出菌袋棉花塞，為子實體發育增加新鮮空氣，在子實體長大至2厘米時再剪去塑料袋上部多余部分塑料袋，讓子實體接觸更多空氣、光照和水分。為防治菇蚊，在出菇期菇棚所有通風口覆蓋60目防蟲網，以防菇蚊成蟲飛入，也可在菇棚內懸掛黃板，黃板規格為25厘米×40厘米，每個菇棚懸掛5-6個，誘殺進入菇棚的菇蚊成蟲。
