秀珍菇栽培過程中常受到多種害蟲的危害，包括遲眼蕈蚊、厲眼蕈蚊、褐色克糞蚊、泰納異蚤蠅、黑腹果蠅和癭蚊等。這些害蟲咬食菌絲體、子實體原基、菌褶、菌柄，造成退菌，原基消失、子實體枯萎腐爛，使秀珍菇的產量和品質受到嚴重影響。
防止蟲源進入菇棚，最有效的方法就是在天窗和大棚圍腰設60目防蟲網，人員出入口增加防蟲網簾。大棚內懸掛黃板、誘蟲燈誘殺成蟲，黃板上成蟲粘滿時及時更換，誘蟲燈接蟲袋及時清理。黃板在誘殺成蟲的同時可起到預測害蟲高峰期和防治適期的作用。當黃板上成蟲數量達到100只以上時，可選擇專用殺蟲劑在出菇間歇期進行防治。此外，還要及時清理大棚外圍的廢菌包和雜草，定期用觸殺型高效低毒殺蟲劑噴霧，以防治大棚外的蟲源。
第一潮菇采收結束后補水，將所有菌袋下架倒扣在地面上或周轉筐中，充分澆水使菌袋補足水分，利用水面封閉袋口一段時間也可有效殺死袋口的幼蟲。
菌袋補水后上架，采用移動式打冷機低溫刺激出菇。第二潮菇開始每次采菇結束的補水方式均相同，直至整個生長期結束。
南方地區主要采用大面積的連棟大棚栽培秀珍菇的模式，頂部覆蓋彩鋼瓦，開有固定的通風口，四周用塑料薄膜覆蓋，需要通風時可收起薄膜，地面為水泥地面或土地。由于面積太大，無法使用防蟲網，只能依靠大棚內的防控。大棚內懸掛黃板、誘蟲燈誘殺成蟲，當黃板上成蟲數量達到100只以上時，選擇專用殺蟲劑在出菇間歇期進行防治。
要定期用觸殺型高效低毒殺蟲劑噴灑大棚周圍地面、通風口周圍和出入口，第一潮菇開袋采用“一”字型開口方式，開口小，蟲害少；第二潮菇開口呈“+“字型進行出菇，害蟲逐漸增多，采收結束后袋口全部切掉，整個袋口開放式出菇。
每潮菇采收結束后，采用管道高壓霧化噴水或移動式霧化噴水，隨后采用移動式打冷機進行低溫刺激出菇。在第三、第四潮采收結束，蟲口數量增加時，可在歇菇期噴施專用殺蟲劑，以大棚內黃板上的成蟲為用藥依據。
