軟腐病又叫濕病、指孢霉菌病。該病是由指孢霉菌感染所致。多數是通過氣流和濺起的水滴傳播，孢子污染覆土也會導致發病。覆土過濕，溫度太低，也容易發生這種病。
指孢霉菌多發生在菇床表面，菇床上先出現白色棉毛狀(也叫蛛絲狀)菌絲，若不及時處理，菌絲便迅速蔓延，把小菇蕾全包圍。先只看到一團白色菌絲，后期變成水紅色。子實體受其侵染后，菇體變軟、倒伏、腐爛。
防治措施：
(1)搞好環境清潔衛生，病菇及時清除燒掉或深埋掉；
(2)加強菇房通風，降低相對濕度；
(3)發病區撒一層石灰粉，抑制病菌生長；
(4)噴灑2％一5％的甲醛水溶液(指孢霉菌對甲醛較敏感)，甲醛對蘑菇和菌絲也有損害作用，故用時千萬小心。
