鮮藏。新鮮的有機平菇在室溫下貯藏的時間受溫度和空氣濕度的影響較大。室溫在3～5℃、空氣相對濕度在80%左右時，鮮菇可貯藏一周。菇量不多時，可將有機平菇放在裝有少量冷水的缸內將缸口封嚴，氣溫即使達到15～16℃也可貯藏一周左右。還可將有機平菇完全浸于冷水中，但水必須干凈衛生，水的含鐵量應低于每升2mg，這樣有機平菇才不會變黑。
冷藏。冷藏是指在接近0℃或稍高幾度的溫度下貯藏的一種保鮮方式，但冷藏的溫度并非越低越好。冷藏可以在冷藏室、冷藏箱中進行，冷藏過程中要經常檢查箱內的空氣溫度，貯藏時間應控制在7天之內。
冷凍保鮮。將新鮮的有機平菇實體在沸水中或蒸汽中處理4～8分鐘，放在1%的檸檬酸溶液中迅速冷卻，瀝干水分后用塑料袋分裝好放入冷庫中貯藏。量少時可放入冰箱中貯藏，能保鮮3～5天。
氣調貯藏。采摘后的鮮菇仍在進行呼吸作用，吸收氧氣，放出二氧化碳。適當降低環境中氧氣的濃度、增加二氧化碳的濃度可以抑制鮮菇的呼吸作用，延長保鮮期，有機平菇在低溫下可耐25%的二氧化碳濃度。在氣調室內，有一個降氧和升二氧化碳的過程，降氧期越短越好，這樣貯藏的菇體可盡快脫離高氧環境，獲得最佳的氣調效果。
