一、發菌期管理
1、溫度。黑木耳為中溫型食用菌，菌絲生長適溫為 22～28 ℃。 生產實踐中，接種初 10～15 天培養室溫度以 25～28 ℃為宜，15 天后降溫至 25 ℃，防止燒菌，促進菌絲加快生長，吃料快。 當菌絲吃料 2/3 袋時，降溫至 22 ℃，使菌絲生長健壯。當菌絲長滿袋時降溫至 20 ℃，繼續培養 10 天左右，菌絲由營養生長轉入生殖生長。
2、光照。 菌絲生長不需要光，光強菌絲易老化，并易長耳芽，所以菌絲生長必須在黑暗條件下培養。
3、通風、換氣。加強通風、換氣，保持室內空氣新鮮，干燥或濕度大易發生后期污染。 每周翻堆（或倒架）一次，以免燒菌。
二、開出耳口與催耳芽
1、開出耳口。用 5%石灰水擦洗菌袋，待菌袋表面干后，每袋開“V”字形出耳口 12～15 個；釘子口、“一”字形出耳口 80～100 個。 開出耳口時一定要劃破菌膜，一般深 0.3～0.5 cm，使新鮮空氣進入，刺激原基分化，有利于形成耳芽。
2、催耳芽。菌袋開出耳口后，將菌袋擺放于畦床中，袋間距 10～12 cm，菌袋上面蓋草簾，向草簾上噴水、保濕催耳芽，在適溫下 10～15 天可見耳芽。 黑木耳對溫度適應性較強， 子實體分化及發育最適溫度為 20～24 ℃。
三、展耳期管理
1、調節濕度。初期因耳片抗逆性差，要勤噴、輕噴、細噴水，使空氣相對濕度保持在 85%～90%，保持耳片濕潤不卷邊為宜。 當耳芽長至扁平或圓盤狀時，應適當加大噴水量， 將空氣相對濕度提高至 90%～95%，防止耳片蒸騰失水，促進耳片迅速生長。但要注意干濕交替管理，使耳片健壯生長。耳片成熟前夕，宜減少噴水，空氣相對濕度降至 75%～85%，不僅能控制孢子彈射，而且耳片干凈無水，不易爛耳，肉質肥厚，有彈性，增強子實體生命活力，并能降低霉菌污染。
2、控制溫度。生產實踐中，可在適溫范圍內溫度偏低些。展耳期溫度以 20～22 ℃為宜，有利于耳片整齊、健壯、耳形好、色澤深、商品價值高。 若溫度高于25 ℃，則難以開片 ，再遇高溫天氣 ，子實體呼吸旺盛，細胞分裂加快，干物質積累少，耳片薄、色淺、產量低。 若遇高溫，可蓋草簾并噴水降溫，保證耳片生長良好。
3、調節光照。子實體生長需要一定的散射光和直射光，在光照充足的環境里，耳片肉厚色深，鮮嫩茁壯，病蟲害少。 否則生長緩慢，色淺，商品價值低。所以對覆蓋物要定期揭掉，確保充足的光照條件。
4、適當通風。黑木耳要求氧氣充足，二氧化碳和其他氣體過多對耳片有毒害作用， 空氣新鮮可避免爛耳，減少病蟲害，有利于耳片良好生長。 若通風較差或擺袋過密，則耳片不易展開，易形成“雞爪子”或“團耳”等畸形耳，失去商品價值，且易受污染出現雜菌和爛耳，降低產量。 應清除耳場內外一切障礙物，定期揭掉覆蓋物，使耳場空氣流通，促進耳片良好生長發育。
四、采收
1、采收。出耳芽后，一般在適宜條件下培養 15～20 天即可成熟，采收前 4 小時停止噴水。
2、采收標準。 耳片充分舒展變軟，顏色變淺，耳基收縮，耳邊內卷，肉質肥厚，腹凹面見白色孢子粉，應該及時采收。
3、采收方法。用刀（最好是竹片刀）沿袋壁削下，也可將五指捏住耳基輕輕扭下，不留耳基和殘片，也不能帶培養基，以免發霉污染，影響下一潮耳芽形成和生長。
五、采收后管理
1、清理耳場。清理耳場及病蟲殘耳，可噴施0.1%～0.2%高錳酸鉀或 5%石灰水進行消毒滅菌。
2、清理菌袋。將培養基刮平壓實。
3、菌絲復壯。采耳后停止噴水 3～4 天，覆膜（或草簾）使菌絲復壯。
4、再催耳芽。采收 5 天后噴重水，約 10 天后又可長出新耳芽。
