1.菇蠅 雙孢菇、平菇、金針菇生產中受害嚴重，尤以我縣東部梨區平菇栽培中最為常見。由菇蠅侵入造成的產量損失，因品種和防治而異，平菇受害率較大，高時可達50%左右。
2.螨蟲 螨蟲在雙孢菇栽培中發現有零星發生，發生程度較輕，原因可能與生產中菇棚定期移動有關，菇農的棚菇大約2－3年移動一次，食用菌生產中土地的輪作能有效地防治螨蟲的發生為害。
3、線蟲 線蟲近年在雙孢菇、雞腿菇等栽培品種中發現有部分發生為害，生產中常常是由于防治用藥選用不當而造成危害擴大。
4.細菌性病害 在高溫、高濕和栽培密度大的菇棚中發生突出，受害嚴重的有春雙孢菇、黑平菇、金針菇等品種，病斑出現褐斑、黑斑、畸型和腐爛等癥狀
5.雙孢菇軟腐病 高溫及高濕含水較多透氣性差的菇棚發生嚴重。菇床發病處為暗綠色病菌網絲所覆蓋，造成發病處出菇少或不出菇、或者菇后引起菇體濕腐而死亡。
食用菌病蟲害較多，生產中應遵循以農業防治為主，藥劑防治為輔的防治方針，對所發生的病蟲害進行綜合控制，主要措施如下：
1.及時清除被病蟲侵染嚴重的出菇袋和茹棚內的殘菇、爛菇。
2.合理輪作，活動性菇棚在使用2-3年后搬遷換址并避免多棚集中。
3.同一品種和同一大棚，不宜周年栽培，宜輪作不易感染同種類病蟲的品種。如金針菇棚不宜接茬栽培草菇或雙孢蘑菇，防止螨蟲和菇蚊延續性繁殖。
4.利用100目的防蟲網覆罩栽培棚可以有效阻止蟲體大小在1毫米以上的害蟲如菇蚊、蚤蠅、夜蛾、谷蛾、白蟻、蛞蝓、蝸牛等入侵，顯著減少入侵蟲源。在防蟲網上噴施農藥可殺死停留在網上的成蟲，有效減少下一代蟲源。
5.強化預防處理工作，如清棚、熏蒸消毒、土壤處理、拌料處理等措施可將病蟲消滅在發菌和出菇前期。
出菇期間用藥防治時必須選用經農業部登記的農藥品種，對癥下藥，不可盲目用藥。菇蠅、夜蛾、谷蛾、白蟻、蛞蝓、蝸牛等害蟲可以用菇凈（4.3%高效氟氯氰•甲阿維乳油）和氟蟲腈（銳勁特）1000倍液噴霧防治；疣孢霉、木霉等可以用菇豐（30%百•?？蓾裥苑蹌┖?0%咪鮮胺及施保功500－1000倍液噴霧防治；螨蟲和線蟲可用菇凈500－1000倍液多次噴霧防治.
