雙孢菇栽培過程中和其他食用菌最大的不同是需要覆土。不覆土則不出菇或很少出菇。雙孢菇在栽培條件下，由菌絲體的生長轉向子實體的發育過程，覆土是一個重要的誘導因素。覆土在雙孢菇生長過程中的作用如下：
1． 覆土層在料面可以造成一個溫濕度較為穩定的小氣候，有利于菌蕾的形成。覆土以后，使裸露的料面增加了一層保護層，既能緩和溫度的變化，又能降低水分的蒸發，使得土層內有一個較為穩定的小氣候環境。
2．覆土后改變了料面和土層二氧化碳和氧氣的比例，促進菌絲扭結成子實體。蘑菇菌絲體和子實體對二氧化碳的耐受力是有差異的。覆土以后引起料面和土層中二氧化碳含量的變化，從而控制蘑菇菌絲在土層中的生長，使之及時形成菌蕾。
3．覆土后改變了營養條件，促進菌絲在營養較差的土層中由營養生長轉向生殖生長。蘑菇菌絲在營養豐富的培養料內生長旺盛，當生長到覆土層時由于營養成分含量甚微，生長就受抑制，從而轉向生殖發育而結菇。
4．覆土對料表菌絲的物理性刺激作用，可促進子實體的形成。這種物理刺激有利于蘑菇菌絲的扭結和分化。
5．覆土層可隨時供給蘑菇生長所需的大量水分。蘑菇生長發育過程中的周期性變化，較其他食用菌更為突出明顯。因此出菇旺期需要補充大量的水分，供蘑菇吸收。假如沒有土層，料面難以承受這樣的大量的水分，而土層既能吸收貯存這樣多的水分，空隙間又有足夠的空氣供蘑菇吸收，因而能維持蘑菇的正常生長發育。
6．覆土層可支持蘑菇子實體的正常生長。蘑菇子實體在裸露的料面上無法正常直立生長，而覆土層卻起到了一種支撐子實體生長的作用。
