一、水分管理。食用菌生產中水分管理很重要，覆土層的調水是水分管理中至關重要的技術環節。有兩種方法可供選擇：一是采取噴霧的辦法，細霧蒙蒙，使覆土層不是濕透而是洇透，用1～2天時間使覆土層達到最大持水率。該種方式對覆土層內的菌絲影響較小，適合偏黏性土質；二是重打結菇水，方法是采取澆灑的方法，一次性用足水。該方式的最大優勢在于重水的使用，能有效地刺激菌絲由營養生長向生殖生長快速轉化，適應理化性狀較好的覆土材料。其后應采取空間噴霧等辦法，保持棚內空氣濕度保持在85%～95%。
二、溫度管理。該階段菇棚溫度一般在11℃～20℃，處于雙孢菇子實體生長的適宜范圍，幾乎不需任何調控，即可正常生長。但隨著溫度的降低，應加強保溫措施，主要可采取草苫上加覆一層塑料膜、中午通風等辦法進行調節。在這一點上，冬暖式大棚的管理相對簡單一些，而普通斜面式大棚，進入11月下旬或12月份以后，則很難保持所要求的溫度。近年有的生產者采取燒火墻、土暖氣等辦法效果不錯，低溫季節只要保持8℃以上，即可滿足其子實體生長要求。有條件的可安裝大棚水溫空調，即可實現一定范圍內對溫度的調控。
三、通氣管理。菇棚中的通氣效果如何，直接關系著產量高低以及質量如何，但大多菇農朋友往往重視溫度、水分管理，卻忽視了作為主要因素的通氣管理。菇棚中的通氣，除菌絲體和子實體生長需要外，很重要的作用就是在排除或稀釋二氧化碳的同時，可將棚內多余的水分帶出棚外，尤其當棚內濕度過大、霧氣過重時，這一點顯得更是重要。此外，良好的通氣可減輕棚內某些病害的發生。生產上一般要求棚內二氧化碳濃度在0.05%左右，不要超過0.1%。直觀感覺就是棚內異味很小，無明顯濃重的糞草發酵料味。但不應有過強的風流直吹畦面，否則易致覆土或基料失水。
四、光照管理。雙孢菇的最大特點是子實體階段幾乎不需要光照即可正常生長，但在微弱的散射光條件下，又對其生長發育無礙，因此，生產中可將菇棚蓋嚴，僅在入內操作時再打開邊角或通氣孔，有條件時可開燈照明，人走燈滅。
五、適時采收。當子實體長至直徑4厘米以上、仍呈包膜緊實狀態、但長速明顯降低時，即可及時采收。應提前做好采收準備工作，比如，采收時應戴乳膠手套，以防手指印留在菌蓋上，導致該處易發生褐變和影響菇品質量；再如，裝菇的盆、筐等工具，應事先進行消毒處理，以免污染菇體等。
六、采后管理。第一潮菇采收完后，應及時清理料床，去掉菇腳、死菇以及菌索等，填平凹處，有條件的可澆施三維精素溶液，每120克對水60公斤，澆施60平方米畦面，并進行清水鎮壓，使菌絲休養生息，以利下潮菇的發生和高產。
