雜菌與食用菌的關系相當于雜草與綠色作物的關系，它們并不像病原菌那樣直接侵害食用菌，而是通過在培養基質上的生長，與食用菌爭奪養分，同時形成毒素，抑制食用菌生長。危害食用菌的雜菌主要是霉菌類和少數的高等真菌、細菌及黏菌。
1.熟料栽培的雜菌控制。熟料栽培的雜菌污染源主要有培養料帶菌（滅菌不徹底）、菌種帶菌、接種工具帶菌（滅菌不徹底）、接種操作外界雜菌侵入和培養期間的外界雜菌侵入等。據此，防治要點應在于：①選用潔凈新鮮無霉變的原料，并徹底滅菌。這是預防雜菌污染的第一道防線。②認真挑選菌種，杜絕菌種帶雜菌。③科學配料，控制水分和pH值，創造不利于雜菌侵染的基質條件。經驗表明，料中麥麩多或加入糖后，霉菌污染率較高。當用豆粉或餅肥粉代替部分麥麩，并無糖時，霉菌污染率可明顯降低。含水量偏高時，霉菌污染發生多，含水量偏低時，霉菌污染發生少。④嚴格接種，嚴把操作關。⑤創造適宜的培養條件，特別要注意場所潔凈、干燥，以減少外界雜菌的侵染。
2.生料和發酵料栽培的雜菌控制。生料和發酵料中自然存在著多種微生物。食用菌培養期間，污染能否發生主要取決于料的微生物區系中各種微生物之間的平衡狀態，這種平衡一旦被打破，污染就會發生。通常采取以下措施預防污染。①提高培養料的pH值，在不明顯影響食用菌菌絲生長的前提下，抑制霉菌的生長。②適當偏干，增加透氣性，促進食用菌菌絲生長，抑制霉菌生長。③加大接種量，占取料中微生物種群優勢。④料中適量加入多菌靈等殺真菌劑，抑制霉菌生長。⑤創造利于食用菌生長的環境條件，如溫度、通風，促進食用菌生長來抑制雜菌的繁殖。⑥科學合理發酵，制作只利于食用菌生長而不利于雜菌生長的選擇性基質，包括適于食用菌生長的理化性狀和微生物區系。
