聯盟是指由企業、大學、科研機構或其他組織機構，以企業的發展需求和各方的共同利益為基礎，以提升產業技術創新能力為目標，以具有法律約束力的契約為保障，形成的聯合開發、優勢互補、利益共享、風險共擔的技術創新合作組織。值得注意的是，食用菌行業的聯盟在近兩年出現一個熱潮，2014年11月29日，國家食用菌裝備產業技術創新戰略聯盟在鹽城成立；2014年12月29日，國家光伏食用菌產業技術創新戰略聯盟在青島成立；2015年3月24日，國家黑木耳產業技術創新戰略聯盟在牡丹江成立。這些聯盟均為科技部中國技術市場協會批復成立。針對行業內出現的多個聯盟，李玉院士對易菇網講到：食用菌產業走到目前階段，確實需要這種資源共享、技術交流、設備能夠公用的這種平臺，否則我們重復投資，會造成資源的浪費，力量的浪費，人才培養的浪費，這些都是整個產業值得注意的。
李玉院士告訴易菇網，行業聯盟的成立，僅僅做到“成立”、“掛牌”是遠遠不夠的，應該要從實際上解決我國食用菌產業面臨的一些主要問題。比如說菌種問題，現在食用菌工廠化的菌種還是被外國菌種所占據，占主導地位，我們急需要拿出自身的品種來。但是，成立行業聯盟是有意義的。李玉院士指出，聯盟能夠提供了一個資源共享、技術交流、人才培養的平臺，有效避免了重復投資、資源力量的浪費。利用這份共享機制，就能夠進一步解決行業面臨的種種問題，達成一個統一的標準。另外，聯盟成立后，必然會形成相互監督的體制。若近期內實現這幾個目標，那么我國食用菌產業才有可能真正做到又大又強。
據易菇網了解，食藥用菌領域的聯盟，遠遠不止以上這些聯盟。單一種類的聯盟，如于2013年成立的中國天麻產業聯盟、2014年成立的中國蟲草產業技術創新戰略聯盟，區域性的聯盟先后成立的則有湖北省食用菌產業技術創新戰略聯盟、山西省食用菌產業技術創新戰略聯盟、首都食用菌產業科技創新服務聯盟等。其中，2013年，由中華全國供銷合作總社昆明食用菌研究所牽頭，廣東省微生物研究所、吉林農業大學等15家高校、科研院所及21家省內外企業共同組建的國家食用菌產業技術創新戰略聯盟被國家科技部正式批準列為國家級試點聯盟，為目前唯一一個進入科技部的試點聯盟。
針對行業內成立的眾多聯盟，李玉院士同時直言，目前只有少數聯盟較具特色，個別聯盟從業者還有微詞。李玉院士認為：食用菌行業這些聯盟下一步應該進行聯合，需要考慮再“聯盟”，行業不可能需有這么多的平臺，這中間也有重復建設的問題，力量分散的問題。雖然它各有側重，但是要真正的想起到聯盟創建的初衷，應該真正實現大聯合，真正建設平臺，真正整合資源力量，整合管理層面的東西，才能真正起到聯盟的作用。
