吳清平院士（左二）團隊與白肉靈芝推廣人員交流。吳清平團隊 供圖
近日，中國工程院院士、廣東省科學院微生物研究所名譽所長吳清平團隊完成了第一個白肉靈芝全基因組測序。據悉，這是世界上首次對白肉靈芝的基因組進行組裝和注釋。相關研究發表于《G3：基因，基因組，遺傳學》（G3-Genes Genomes Genetics）。
白肉靈芝作為我國具有鮮明地域特色的野生資源，首次被廣東省微生物研究所科研人員采集并進行命名，目前已成為科技扶貧的典型案例和帶動一方經濟發展的重要資源，在中國西南地區廣泛種植。白肉靈芝是在中國發現的靈芝科一新種，具有多種藥理活性。但由于缺乏參考基因組而阻礙了系統的遺傳研究。
研究人員從一個單核菌株（DH-8）中提取了高質量的DNA，并基于Illumina和Nanopore平臺組裝完成第一個白肉靈芝全基因組。組裝的基因組大小為50.05Mb，N50為3.06Mb，預測到78206條編碼序列和13390個基因。使用Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（BUSCO）工具評估基因組完整性，該工具鑒定了280個真菌BUSCO基因中的96.55%。
此外，分析了白肉靈芝和靈芝之間次級代謝產物（萜類化合物）的功能基因的差異。研究發現，與靈芝相比，白肉靈芝具有更多與萜類化合物合成相關的基因，這可能是它們表現出不同生物活性的原因之一。
據吳清平團隊成員、正高級工程師胡惠萍介紹，白肉靈芝基因組是目前組裝質量最好的靈芝屬物種，該成果對豐富白肉靈芝生物和遺傳研究的基礎具有引導作用，為今后特定物種的高原適應性深層研究奠定基礎。
相關論文信息：https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab337
