近日，中國科學院微生物研究所趙瑞琳研究團隊和福建省農業科學院食用菌研究所陳美元團隊在Microbial Biotechnology期刊上發表了題為“A New Method for Constructing High-Resolution Phylogenomic Topologies Using Core Gene-Associated MNP Markers: A Case Study From Agaricus bisporus”的文章，提出了一種利用核心基因相關多核苷酸多態性（cgMNP）標記對真菌菌株進行高分辨率鑒定的新方法，為真菌菌株鑒定與知識產權保護提供了關鍵技術支持。
為了解決菌株鑒定準確性有限、工作量大以及可重復性差等難題，趙瑞琳團隊聯合多家單位在2022年首次完成了香菇菌株精準鑒定的多核苷酸多態性（Multiple Nucleotide Polymorphism，MNP）標記研發（Ling YY et al. 2022 in Mycosphere)；繼而在2023年完成了金針菇菌株精準鑒定的MNP分子標記研發（Liu F et al. 2023 in Journal of Fungi)。這些成果有效推動了相關物種品種的精準識別，屬于第一代MNP標記。
本研究通過對213個栽培和野生雙孢菇菌株的基因組重測序，篩選出84個位于核心基因內的cgMNP標記，成功構建了高分辨率的系統發育樹，并實現了精準的菌株區分。此外，研究人員還驗證了該方法對大量金針菇、釀酒酵母等真菌菌株中的適用性，證明了這些cgMNP標記的在不同物種間的廣泛適用性，成為第二代MNP標記。
這一成果不但有效降低了第一代MNP分子標記的研發和使用成本，而且首次實現了不同物種間的廣泛適用性，為真菌菌株鑒定提供了重要的技術突破，為食用菌品種及菌株選育、鑒定與知識產權保護等領域提供了堅實的技術保障。
中國科學院微生物研究所劉飛助理研究員和福建農業科學院食用菌研究所蔡志欣副研究員為論文共同第一作者，福建農業科學院食用菌研究所教授級高工陳美元和微生物研究所趙瑞琳研究員為論文共同通訊作者。
本研究得到國家重點研發計劃（2022YFD1200605）、國家食用菌產業技術體系雙孢蘑菇品種改良崗位（CARS-20）、北京食用菌創新團隊（BAIC03）、福建省5511協同創新項目（XTCXGC2021007）及河南省重點研發（Grant No.2023R1033001）等項目的資助。
圖1. 圖形摘要
全文鏈接：https://doi.org/10.1111/1751-7915.70070
