草菇gpi基因結構及其異核體表達協同增效作用
Volvariella volvacea Glucose-6-phosphate Isomerase Gene(gpi) Model and Synergistic Gene Expression in a Hybrid Heterokaryon
【作者】 劉朋虎； 謝寶貴； 鄧優錦； 陳炳智； 貴甫； 朱堅； 江玉姬； 劉新銳；
【Author】 LIU Penghu,XIE Baogui,DENG Youjin,CHEN Bingzhi,GUI Fu, ZHU Jian,JIANG Yuji,LIU Xinrui Mycological Research Center of Fujian Agricultural and Forestry University,Fuzhou,Fujian 350002,China
【機構】 福建農林大學菌物研究中心；
【摘要】 以草菇(Volvariella volvacea)單孢菌株PYd21(基因組測序菌株)和PYd15(基因組重測序菌株)為材料,配對獲得可正常出菇的異核菌株H15-21?？寺y序了PYd21和PYd15的葡萄糖-6-磷酸異構酶基因(gpi),并對基因的結構和表達譜的表達量進行分析。結果表明,PYd21和PYd15的gpi基因序列相同;轉錄組reads定位、paired-end分析結果顯示,gpi基因全長2404bp,ORF全長1659bp,編碼552個氨基酸,含有8個外顯子、7個內含子,5’UTR長度為101bp、3’UTR為183bp,RNA加工過程中有2種可變剪切類型、3個可變剪接位點;表達譜測序結果,PYd21、H15-21和PYd15 gpi基因的表達量分別為84.53、1079.31和270.95TPM,草菇gpi基因表達表現出異核體表達協同增效作用,暗示著異核菌株中的2種不同來源的細胞核可能存在相互作用,這一結果在實時熒光定量PCR檢測后得到證實。
【Abstract】 A hybrid heterokaryon,H15-21,was obtained by mating two single spore isolates,PYd21 and PYd15,the genomes of which were sequenced by de novo sequencing and re-sequencing,respectively.Glucose-6-phosphate isomerase genes(gpi) were cloned and sequenced from both PYd21 and PYd15,and their structures were analyzed through transcriptional read and paired-end mapping.Alignment revealed both sequences to be identical,and that gpi consisted of 2404 bp with an open reading frame(ORF) of 1659 bp encoding a...
【關鍵詞】 葡萄糖-6-磷酸異構酶； 基因結構； 可變剪切； 協同增效作用；
【Key words】 Glucose-6-phosphate isomerase； gene model； alternative splicing； synergistic gene expression effect；
【基金】 國家現代農業產業技術體系建設專項資金(編號:CARS 24)的部分研究內容
【分類號】S646.13