滅菌在食用菌生產中是一個最重要的環節,它主要是達到熟化培養料有利于食用菌菌絲分解吸收培養料中的營養生長,縮短生長期,提高產量,還有就是起到殺滅培養料中的雜菌達到無菌狀態為食用菌的生產創造一個良好的生長條件,防止雜菌與其爭奪營養影響生長等作用,基于這兩個主要作用,視不同食用菌具體品種的適應性和分解力的強弱來確定滅菌時間的長短較好掌握,前提條件是不影響其正常生長和產量來區分較好.如適應性強分解力強的菇類,如平菇、榆黃菇、姬菇、香菇、杏鮑菇等滅菌時間可比熟料時間短一半較好，如再縮短滅菌時間菌絲生長就會變慢，生長期和出菇期就會延長、產量也會有所減少，有可能還會出現營養供應不足出現畸形菇。如果是一些菌絲在熟料培養基上生長就慢的菌類、珍稀食用菌類，最好用熟料，否則如果滅菌時間變短，菌絲就難在未熟化的培養基上生長，或直接不長，所以滅菌時間不是越短越好，也不是越長越好（因太長費燃料增加成本），視具體情況而定。
