利用微生物大規模液體培養來生產各種真菌產品，在醫藥、化工、食品等工業中應用十分廣泛，但在食用菌領域，利用液體培養來生產菌種，國內外雖已試驗研究了20多年（我國20世紀70年代末已有人開始研究）甚至更長的時間，都仍然未能普遍應用，其中原因主要涉及以下幾個方面：
1、不耐貯存，在用種季節常見的20℃左右的氣溫下，長則4～5天，短則2～3天，培養好的液體種如不及時使用，就會變質失效。
2、不耐運輸，大容器長途裝運液體菌種，中途乘車換船諸多不便，換成小包裝，又增加了分裝時污染和運輸時破損的幾率。
3、技術要求高，液體菌種操作技術十分嚴格，諸如放罐指標，雜菌污染等必須借助顯微鏡進行鏡檢，不熟練掌握微生物知識，一般菇農很難做到。
4、存在去雙核化的危險，有文獻報道，雙核菌絲體在液體深層通氣培養條件下，會發生所謂去雙核化現象，即由雙核菌絲體變為單核菌絲體，由于在食用菌中只有雙核菌絲具有結實能力，因此去雙核化現象若普遍發生，對菌種生產和栽培的影響可想而知。目前，人們對去雙核化現象的研究還不夠系統，不夠深入，對其發生和危害程度看法也不一致，不過，由于這個問題事關重大，人們自然也就不敢掉以輕心。
近幾年來，液體菌種廣告宣傳聲勢浩大，大有將固體菌種拉下馬的趨勢，甚至有些廠家在宣傳中把影響我國食用菌產業的發展歸罪于固體菌種。筆者認為，其中多數廠家純屬炒作行為，其目的是推銷他們的發酵罐，謀取暴利。這對廣大菇農是極不負責任的。廣大菇農在選用液體菌種生產時一定要慎重。