菌種生產中心是從事食用菌、藥用菌菌絲體純培養的場所。為了提高菌種純培養的成功率，降低污染率，必須從籌建菌種中心起就應注意其場地和建筑物的規劃和布局的科學性。合理、科學地規劃和布局能為繁殖高質量的菌種，創造良好的環境條件。對提高菌種的合格率，增加菌種生產中心的經濟效益起很大的作用。
所謂菌種生產中心的規劃是指籌建的規模大小、場所位置的確定，以及規模大小和制種要求相適應的投資設備、建筑物的要求標準等。所謂布局是指根據菌種中心場所生產菌種的種型所需要的生產工藝流程布局和與其相適應的廠房設備、配套設施等。
1、菌種中心規劃的基本原則
①設備配套：根據公司發展食用菌、藥用菌的種類、規模，確定菌種中心各部分的面積，并選擇與生產量相應的不同規格型號的設備和數量；
②根據本公司的技術力量及設備條件及公司的迫切需求，應同時規劃實驗室及栽培實驗室。
2、平面布局要求：所謂規劃化菌種中心是嚴格地按微生物的傳播規律，建立起來的菌種中心。它除了設備較齊全、人員素質較好外，布局上嚴格按有菌區和無菌區劃分，無菌區又有高度無菌區和一般無菌區之分。
（1）所有建筑場所內均要求水泥地面，在同一水平面上，便于機械運輸，不易沾染霉菌孢子，不易吸濕，保持壁上干燥且便于沖冼；
（2）使用雙門滅菌鍋，一門與有菌區（培養基制作室）相通，另一門與無菌區（冷卻室）相通，注意雙門不能同時開放；
（3）工作人員必須具有一定的微生物常識，經過嚴格的無菌操作訓練，進入無菌區前須淋浴更衣；
（4）培養室有空調裝置，保證高溫季節能正常生長，培養室同時還要有通風、調濕、控光設施，為充分利用空間，培養室需搭架；
（5）冷卻室、接種室要求作水磨石或油漆地面，四周墻壁和天花板油漆防潮，安裝空氣過濾裝置，冷卻室配備除濕和強制冷卻裝置，接種室配備分體式空調機；
（6）菌種滅菌后的運輸工具一經運出接種室，必須滅菌或消毒后，方可進入無菌區使用。其它工具或用品也一樣；
（7）冷卻室、接種室、培養室均采用拉門結構，減少開關式門窗啟動過程的空氣流通；
（8）整個無菌區要求密閉性能好，并可進行小區域隔離消毒；
（9）保持冷卻室、接種室的氣壓為正值，大約高出室外2.94×104～4.9×104帕，其中接種室氣壓又要大于冷卻室，冷卻室要大于緩沖室和培養室；
（10）原料倉庫遠離冷卻室、接種室和培養室。原料，特別是糧食類原料是許多雜菌的主要菌源。原料倉庫要通風良好，有防潮設施；
（11）栽培實驗室與制種場應當分開，不能在同一處或相近的地方，否則栽培場雜菌易傳入制種室。栽培實驗室應有調溫、控濕、通風、光照設施，要滿足各類菌生長的需求；
（12）培養室制作室和其它倉庫實驗室為有菌區，冷卻室、接種室和培養室為無菌區，其中冷卻室、接種室為高度潔凈的無菌區，要求空氣凈化程度達到100級；
（13）工藝要按培養基制作 - 滅菌 - 冷卻 - 接種 - 培養的程序流水作業；
（14）籌建菌種中心時資金使用的重點應放在滅菌、冷卻、接種三處的設備和室內標準化設置上；
（15）場地用水的水源要清潔衛生，符合飲用水標準；
（16）培養室、實驗室、滅菌室、冷卻室、接種室、栽培實驗室等廠房要有防止昆蟲和其它動物進入的設施；
（17）無菌區的窗戶、天棚及進入室內的管道、風口、燈具與墻壁或天棚的連接部位應密封，空氣潔凈度級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于5帕，潔凈室與室外大氣的靜壓差應大于10帕，并應有批示壓差的裝置；
（18）不同空氣潔凈度級別的潔凈室（區）之間的人員及物料出入應有防止交叉污染的措施；
（19）生產區和儲存區應有與生產規模相適應的面積和空間，用以安置設備、物料，便于生產操作，存放物料、成品，應最大限度地減少差錯和交叉污染；
（20）潔凈室（區）內各種管道、燈具以及其它公用設施，在設計和安裝時應考慮使用中避免出現不易清潔的部位；
（21）廠區的生產、行政、生活和輔助區的總體布局應合理，不得相互妨礙；
（22）在設計和建設廠房時，應考慮使用時便于進行清潔工作，潔凈區（室）的內表面應平整光滑，無裂縫，接口嚴密，無顆粒物脫落，并能耐受清洗和消毒，墻壁與地面的交界外宜成弧形或采取其它措施，以減少灰塵積聚，和便于清潔。