考慮到食用菌生產的特殊性質，及食用菌產業群的性質，很多人希望菇農通過食用菌合作社的方式組織起來。因而，各地都出臺了鼓勵食用菌專業合作社的法規、政策，但現實中，菇農自己組織起來的食用菌合作社卻遇到各種各樣的麻煩。例如，《農民專業合作社法》實施兩年了，但相關食用菌合作社優惠政策的落實依舊遭遇部門協調難題，這是各地食用菌專業合作社發展過程中普遍存在的現象。
食用菌合作社形成的潛在動力是菇農自發的合作傾向。與城市人口的生產、生活形態大不相同的，每個菇戶像企業一樣經營，每個菇農就是企業家。他必須仔細地安排食用菌的生產、經營活動。在傳統食用菌生產中，菇農就會進行某些合作，比如在種菇時互相幫助。隨著現代市場秩序擴展，菇農必須在遠距離市場中與來自城市的大型企業打交道。從菇農角度看，其談判能力較低；從城市企業角度看，與每個菇農打交道成本也太高。因而，這個時候會在城鄉之間形成某種組織合作的交易管道，它或者采取一般企業形態，即由專業食用菌產品營銷公司收購菇農的產品再向外地出售；或者菇農自己組織起來，一方面降低交易成本，另一方面提高談判能力。
對于菇農來說，成立食用菌合作社是菇農組織生產活動的最佳形態。具體是不是這樣，食用菌生產通過企業形態組織是否可行，這可以討論。但有一個事實是確定的:不論從歷史上還是從理論上看，食用菌合作社從一開始就有別于一般企業。似乎也正是因為這一事實，政府也給予獲得注冊認可的食用菌合作社以一定的優惠政策，比如減免稅收。這些優惠政策，正是由食用菌合作社的性質決定的，因為，合作社畢竟不是一般工商企業。
然而，從目前的情形看，整個社會似乎尚未接受食用菌合作社這種組織形態，人們現在已經很難理解自愿性食用菌合作社的性質。政府各個機關并未充分意識到食用菌合作社作為一種法人組織的特殊性。目前各地在執行食用菌合作社法時，往往沒有區分清楚食用菌合作社的性質。
食用菌合作組織是市場經濟的產物，它是處于市場競爭不利地位的弱小生產者按照平等原則，在自愿互助的基礎上組織起來，通過共同經營，實現改善自身經濟利益或經濟地位的組織。但在從事食用菌生產、經營的過程中，卻遭遇法律不同標準的尷尬地位，食用菌合作社參與市場經濟競爭的地位難被認可。
而我國《民法通則》將法人分為企業法人和非企業法人，非企業法人又分為機關法人、事業單位法人和社會團體法人。企業法人是指以營利為目的，獨立從事商品生產和經營活動的法人。食用菌合作社非以營利為目的，顯然難將其歸入企業法人類；與此同時，食用菌合作社不具有公益性，更難將其歸入非企業法人類。傳統民法學將法人分為公法人和私法人、社團法人和財團法人、公益法人、營利法人和中間法人。但這僅是一種理論上的分類法，在我國不能作為法人登記的直接援用根據和標準。因此，應該修改民法通則，設立食用菌合作社法人的分類，從根本上解決問題。在不突破現行法人分類的前提下，將食用菌合作經濟組織作為一種特殊類型的企業對待。參考文獻及法規省略【作者myb轉載請注明來源于易菇論壇】