食用菌菌種培育過程中隨著菌齡的增加，養分不斷消耗，菌種必然會出現老化現象。菌種老化的具體內在表現是其生命力衰退，色素分泌增加（多數菌種發黃），細胞中空泡增多，甚至破裂。老化菌種的外觀特征是菌絲發干，干癟，甚至表面出現厚菌皮，或有粉狀物，菌體干縮，氣生菌絲倒伏，與瓶（袋）壁分離，還可能有紅黃水出現。老化的菌種在應用到生產中會出現接入培養料后表現為菌絲生長慢、抵抗雜菌能力弱、出菇遲，出菇（耳）蓋（片）小肉薄，嚴重影響產量。嚴重老化者菌種菌種不定植，不吃料。菌種老化是一種生理現象，不會遺傳?，F在的菌種還是原來的菌種，基因型不會發生改變，這是與菌種退化的最根本區別。
據有關學者介紹：菌種老化與線粒體DNA的改變及類質粒DNA （Plas-mid-like DNA，簡稱PIDNA）的存在密切相關。PIDNA的產生和插入可能是造成老化的一個重要原因，PIDNA的產生和反轉錄酶有關，可以自我復制，并能在菌絲中轉移。
食用菌同仁在生產實踐中，一旦發現菌株出現了異常情況，需要確定菌種是老化還是退化，還是與菌種外界培養條件發生變化而引起。如果是因菌種老化或外界條件變化引起的異常，更換新的培養基及采取適合的培養條件后菌株生長就會恢復原狀；如果是因菌種退化而引起，只有重新進行菌株分離或采取對原菌株進行雜交、誘變等措施。至于有些業內人士所說的把退化的菌株如何提純復壯，如何返老還童，使其恢復到原菌株的生長狀況。筆者個人認為這不太可能，既然菌種退化是基因型發生改變，染色體發生重組，那么再怎么努力，也不可能使退化的菌種恢復原貌，除非這個基因再突變回來，不過這種可能性太小了。
假如我們從業者在食用菌栽培過程中，出現菌絲生長正常，子實體也無明顯變化，而僅僅是出菇有了早晚，產量有了高、低，就不能認為是菌種退化了，而很大的可能是菌種質量不好或有點老化，或栽培的某些條件不利等引起的。因為環境因素是錯綜復雜的。
防治菌種老化的措施很多：一、一級母種不要無限制轉管，菌絲長滿斜面后3—7天即可投入使用。二級種滿瓶后7—8天最適于擴轉三級種。如果來不及使用，應及時保藏，母種可置4℃冰箱中保存3個月，二級菌種在涼爽、干燥、清潔的室內避光保藏在l 0℃以下，不宜超過3個月。其目的是保持菌種的優良性狀，降低菌種的衰亡速度，從而也有效地防止菌種退化。二、菌種培養基營養盡可能營養搭配合理，切忌過于貧瘠。三、菌種切忌高溫培養，特別注意的是菌種生長有最快生長溫度，多數同仁為了使菌種快速生長將其放入最快溫度下培養，筆者認為菌種最快生長溫度并不是最適生長溫度，在最快溫度稍低點溫度生長，菌絲雖然生長稍慢，但菌絲健壯有利，生物量足，其老化的速度也慢。參考文獻略【作者myb轉載請注明來源于易菇論壇】