食用菌科學是一門應用科學技術，更是一門綜合學科。食用菌生產是將食用菌生物學、生物轉化技術(基質制備)和環境工程緊密結合而實施的學科。
食用菌生物學不僅僅只是食用菌的栽培，而涉及食用菌的方方面面的生物學屬性，如分類、發育、生態、營養、生理、遺傳、藥理、毒性、毒理，可食性等。 應用生物轉化技術，探索和制備適于各種食用菌生長發育，并獲得高產優質的基質，獲得最佳生產效果。
環境工程學則以食用菌生長發育所需環境條件的分析為基礎，設計食用菌生產的環境、設施、生產環節及其控制方法，如溫度、濕度、光照和通風的調節和控制。
不論是從事食用菌種植，還是從事食用菌的加工、貿易、市場營銷和企業管理，都應對食用菌科學有一定程度的了解。只有對此有了一定的了解，才能科學決策、科學生產、科學加工、科學營銷和科學管理，才能獲得理想的經濟效益和社會效益。（參考文獻略）