接種之前給菌袋滅菌，可以采用高壓蒸汽或常壓蒸汽的滅菌方法
高壓蒸汽滅菌的方法：菌袋在放入鍋爐之前，要檢查一下鍋爐的壓力、放氣開關、密封圈是否正常，將鍋內的冷空氣要全部排出來，里面留有冷空氣以免啟動的時候，壓力與溫度不一致，影響滅菌效果。準備工作做好以后，把菌袋放進專用的筐內，擺放整齊放進鍋爐內，不能堆放，以免滅菌不徹底，放置不要太密，以保證鍋爐里面的蒸汽能夠流動，之后再把鍋門蓋上，不能有漏氣的現象。把高壓蒸汽鍋爐的壓力調整到0.1~0.14兆帕，鍋爐溫度保持128度左右，利用鍋內的高壓蒸汽來殺滅細菌。
鍋爐在通氣升溫加熱時，要把排氣閥關掉，使鍋爐內的壓力達到0.05兆帕時，把排氣閥打開，將里面的空氣排空，壓力恢復到0，再關閉排氣閥進行升溫加熱，鍋爐有大量蒸汽產生，壓力達到0.12兆帕，保持2.5個小時進行高溫滅菌消毒。滅菌的時間到了以后，不用再給鍋爐加熱，里面的余溫再蒸一段時間，讓壓力自然降下來，當壓力降到0.05兆帕，就可以打開放氣閥，如果壓力太高，打開鍋爐會產生壓力差，造成菌袋破損。在滅菌的時候，菌袋上的棉塞要蓋上一層塑料，以免從鍋爐內拿出來時有溫差，產生水珠流到棉塞上。
常壓蒸汽滅菌的方法：常壓的滅菌鍋是由滅菌池、滅菌倉和蒸汽發生裝置等設備組成，鍋的內壁要求光滑，在升溫時才能保持溫度一致，鍋的上面要設計成拱形，以利于蒸汽產生的水沿著鍋壁流下來，不會打濕菌袋。先將滅菌鍋預熱一下，使里面的水分蒸發掉，溫度保持一致，再把菌袋整齊的擺放進去，接著再給鍋爐加熱，3~4個小時的時間，使鍋內的溫度達到100度，維持5~7個小時。在高溫滅菌的過程中，要通過蒸汽發生裝置的加水口慢慢加水，才能補充水分產生蒸汽，在加水的時候，不能加得太多，以免鍋內的蒸汽減少。滅菌時間到了以后，就要停止加熱，用鍋內的余溫保持1~2個小時，等溫度降下來以后，再將菌袋拿到冷卻房等待接種。
提示：種用常壓滅菌用的時間比較長，菌袋里面的營養料在高溫下容易分解，在滅菌時，要根據營養料的原材性質合理掌控時間，既要起到殺菌的目的，也要避免養分流失。滅菌之前，要將鍋內的冷空氣和水分清除干凈，鍋內的死角有冷空氣，影響溫度上升，會造成燃料浪費，燜鍋的時間不宜過長，以免蒸汽落在棉塞接口的位置，打濕里面的營養料。
菌袋經過接種，也是提高黑木耳產量的一項關鍵因素
1、冷卻：經過滅菌以后的菌袋，還有一定的余溫，需要經過冷卻處理才能進行接種，黑木耳的菌絲適合在低溫環境下生長，沒有耐高溫的能力，在滅完菌以后，還不能馬上進行接種，必須要將菌袋里營養料的溫度調整到25度以下，才能進行接種操作，以免溫度過高，會燙傷菌絲。為了更快的冷卻，使營養料上層和下層的溫度保持一致，最好是在接種室旁邊規劃一個冷卻室，也不用多大的面積，可以根據需要接種量來規劃，要求室內要通風，空氣新鮮，有專業的冷卻設備，滅菌以后的菌袋就可以直接存放在冷卻室。冷卻室在使用之前，要用臭氧機或紫外燈進行消毒，不能用化學藥物進行熏蒸，以免產生藥殘留，影響菌絲的生長，用臭氧進行消毒，可以很快分解，不會產生殘留。
2、接種的場所：接種室要求干燥、背風的環境，可以調節溫度，在門口設一個過渡區，以供工作人員換衣服、換鞋、洗手消毒等操作，室內要安裝紫外燈用來照明，用來接種的工作臺要離地面80厘米，寬60~80厘米，長度可以根據接種室的面積來定，接種室在使用之前要消毒。種植規模較小的場地，也可以用接種箱，用木質的材料做成箱體，前面開三個窗安裝上玻璃，箱體下面挖兩個圓形的孔進行操作，里面有一個紫外線的燈，接種的時候就可以在箱內進行。
3、無菌接種：采取無菌接種對環境的要求比較高，室內和室外的潔凈度，是接種順利進行的基本保證。室外要減小粉塵的產生，定期消毒殺滅害蟲，室內的環境要經常清洗，保持潔凈，使用前要做好徹底消毒的措施，不能有細菌和污染物存在。接種之前，室內要用碳酸溶液噴灑一遍，工具經過消毒以后放進接種室，打開紫外線的燈照射1個小時。
無菌接種操作時，要點亮酒精燈，在火焰周圍10厘米的范圍內完成，里面的酒精要有較高的純度，產生的火焰大。先用木椎在菌袋上打3~4個孔，孔的大小保持1.2~1.5厘米，深度1.8厘米，用接種棒點一些菌種，放進打好的孔內，并用手輕輕地按緊，使菌種與孔壁完全接觸，再用毛刷粘取液化后的石蠟涂抹穴口，凝固以后就可以封口。再把菌袋翻轉過來，在背面打3個孔，用同樣的方法進行點種。在打孔的時候，要控制好密度，根據菌袋的大小和營養料的材質靈活調整，一般保持在穴距6~7厘米，行距7~8厘米為宜，每個孔穴排列要錯落有致，形成“品”字形的結構。如果是用接種箱，要在接種箱的玻璃上開1~2個透氣孔，以防止在密封的環境下，酒精燈會熄滅。接種完成以后，要把接種口處理好，搬入到培養室進行養菌。
小竅門：接種前，要用到的酒精燈、木椎、棉球、消毒液、接種鏟、打火機等工具都要準備好，看一下酒精燈里的酒精是否充足，操作人員最好在進接種室前，換上專業的衣服，帶上口罩，以免灰塵和口氣會對菌絲造成污染。接種前室內先要做好除塵的工作，可以把水裝在噴霧器里，對室內噴灑一遍，在給接種室消毒時，也可以把菌袋和工具放入一起消毒。
滅菌、接種要注意的一些事項
不管是采用哪一種方法滅菌，鍋爐內加熱的時間要掌控好，不要為了追求滅菌效果而延長加熱的時間，營養料中的材質不一樣，高溫滅菌的時間也不一樣。鍋爐內的常溫升到100度時，盡量要縮短時間，長時間達不到滅菌溫度會引起培養料中的雜菌生長，不利于菌絲成活。在接種的時候，室內要徹底消毒，達到無菌操作的要求，提前將要用到的菌種、工具準備好，當天挖出來的菌種，要在當天用完，不能長時間存放。接種過后，要檢查孔穴的密封情況，如果封閉不嚴，孔穴周圍就會產生雜菌，造成菌絲污染。
