首先，我們要了解一些畸形菇的基本情況，這些菌菇大多數都長得不好看，有些菌蓋像拳頭一樣，壓根就沒有長開；有些把柄非常小，感覺一下子就能折斷，甚至有的還會出現破邊看起來像是殘次品，這些菌菇拿到市場上大家都不愿意購買。出現這樣的花菇和它們生長的環境有很大的關系。
有些農戶經常聽說菌菇不喜歡光線，害怕花菇受到傷害，就會將花菇密封在室內，而且也不知道及時通風，讓花菇生長在嚴重缺氧的環境中，菌種的呼吸受到阻礙，就會長出來一些畸形菇。雖然花菇不喜歡光線，但是它們對新鮮的空氣還是很需要的，培養時最好及時通風，保持室內空氣清新，菌菇得到足夠的氧會長得更加健壯。
等到菇雷長出來以后，它們的生長就會加快，菇蓋也會一天天變大，就會變得更加擁擠，需要將那些長勢不好的菇雷給去掉，給其他健壯的菌菇提供生長空間。不過很多農戶覺得將它們摘掉浪費資源不舍得扔掉，而且摘掉以后就會損傷，要是感染病菌會有更大的損失，于是就讓它們一直生長，隨著菇雷的生長后期養分供應不足，就會長出來很多畸形菇。
在管理菌菇時，一定要控制好菌菇的密度，不能讓它們長得過密，會影響到菌種吸收養分，適當的將那些長勢不好的菇雷給去掉，對別的菌菇也不會造成多大的影響，而且它們還能得到更多的養分，長大以后菌菇會更大，畸形菇也會大大減少，花菇品質也會有很大的提高。
等到中期以后，花菇成型以后，可以適當的讓弱光透進來，促進花菇生長，在光線的作用下，它們的機體會發生一系列的變化，可以讓花菇長得更勻稱，成熟以后那到市面上就能賣到更好的價格。
