黑木耳的常見雜菌有：
1、木霉：木霉主要發生在菌種瓶（袋）未萌發的料內和沒有徹底清除的耳基上，若不及時處理，擴大蔓延很快，病區木耳菌絲不能生長或生長不良。
防治措施：培養基滅菌要徹底，菌袋出耳期間發生木霉，可先將菌袋置于陽光下晾曬1~2天，再用0.2%或0.1%高錳酸鉀或0.2%多菌靈溶液噴灑消毒。
2、毛霉與根霉：其危害是隔絕氧氣，爭奪養分和水，分泌毒素，影響黑木耳菌絲的生長。
防治措施：培養基滅菌要徹底，菌袋出耳期間發生木霉，可先將菌袋置于陽光下晾曬1~2天，再用0.2%或0.1%高錳酸鉀或0.2%多菌靈溶液噴灑消毒。
3、鏈孢霉：主要危害是與黑木耳菌絲爭奪營養。多在生產木耳菌袋時發生，威脅很大。
防治措施：生產盡可避開高溫季節，接種宜采用套袋法，避免菌袋間互相污染。發現鏈孢霉應及時撿出，并在其場地噴打0.2%多菌靈或漂白粉溶液。
