一、汛前預防
選擇地勢較高、排水方便、沒有洪水和內澇危害的田塊作為生產場地。值得注意的是，在選擇場地時，周邊溝渠比場地內溝渠至少深15cm以上，否則極易發生內澇。
二、汛期巡檢
時常巡查食用菌生產棚室是否存在傾斜、倒塌的風險，種植田塊、生產棚室周邊是否排水通暢，進入食用菌生產棚室前要觀察電線是否正常，避免觸電；周邊環境是否存在滑坡等險情，若發現險情及時上報政府，人員不要進入菇房內；對因災損壞倒塌的菇棚要及時采取補救措施，盡快修補或重新搭建。排水溝做到及時清理通暢。
三、加強病蟲害防治
預防為主，采取農業、物理、化學、生物等綜合防治技術，治早，治了。入汛期間菇場設施的門窗要安裝防蟲網、紗窗等；出入菇房隨手關門，防止蠅、蚊成蟲飛入產卵。加強場地通風，防止高溫高濕，有利于減少病害發生。此外，人工捕殺、人工誘殺等措施也是有效的蟲害防治辦法。對已發生污染的菌包應及時清理，燒毀或深埋；使用化學農藥應遵循最低限度原則，對已發生污染的菌床及時用生石灰覆蓋，達到擬制霉菌繁殖，殺菌消毒作用。
四、災后自救
1、及時加固和修復破損菇棚
對因災損壞倒塌的菇棚要及時采取補救措施，盡快修補或重新搭建，避免災后晴天高溫對食用菌生產造成二次危害；未進行夏季生產的園區，及時清理、檢查、加固栽培設施，為秋季生產做好準備。被洪水沖毀的菇棚，可將菌棒移至林下出菇。
2、積極搶收和及時晾曬加工
災后及時采下可以采收的竹蓀、靈芝等，利用晴好天氣，及時將產品進行曬干處理，保證產品質量，盡量減少損失。含水量小的子實體有制冷條件的，可打冷后出售鮮品。及時采摘茶樹菇等，利用現有烘干設備進行烘干。
3、合理處理受淹原材料和菌包
受淹原材料于天氣晴朗后，及時進行攤晾、暴曬或加入3%～5%的生石灰進行堆置發酵，發酵結束后再曬干備用。受淹菌包要及時進行處理，出菇期的菌棒將積水倒凈，散堆并加強通風，用1-2%的石灰水清液進行表面消毒后，待菌絲恢復后重新上架進行出菇管理；正在發菌期的菌包，因受淹而污染雜菌的菌包及時清理掉，菌絲良好的菌包重新放回菇架上培養。
4、搶時改種
對于菌絲已死亡的田塊搶時改種二季晚稻或玉米、蔬菜、瓜果等經濟作物。
5、做好災后病蟲害安全綜合防控工作
災后要及時對生產場所進行消毒處理，保持發菌及出菇場地清潔衛生，預防病蟲害發生。將雜菌感染嚴重的菌棒、爛棒及時清理掉，移至離栽培場地較遠的地方集中堆悶發酵處理，禁止隨意丟棄或亂堆亂放，防止菌棒污染環境而導致大面積雜菌感染。災后遇高溫天氣，要密切注意棚內氣溫，利用早晚加強通風，避免高濕、高溫造成菌棒污染。晴天后用1-2%石灰水清液、800～1000倍液的高效綠霉凈(或克霉靈)或農用鏈霉素30ppm殺菌劑對發菌及出菇場地進行消毒，隔天重復噴灑，防止病害大面積發生。
