傳統給食用菌澆水的方法是使用噴水桶，以噴淋的方式澆水，這樣的方法有損傷菌絲體的缺點，現在的工廠化生產則有特定的霧化噴淋方式了，即通過超聲波把水霧化后送入菇房，具有效率高，補水的效果好等優點，而且現在也有小型的超聲波加濕器可供選擇了。
浸泡法效率較差，把菌棒浸泡到水中，菌絲體會很多死亡，而且栽培袋的營養也會被水析出，所以這個不是好的辦法。再則有專門的補水器，香菇等食用菌菌棒可以使用補水器進行補水。
灌溉方法：
對于食用菌灌溉，可以用微噴灌設備---吊懸式微噴頭、全工程塑料制作，加工精度高。
1、噴灌強度低，射程遠，實施噴灑灌溉。
2、流量小，灌溉均勻度高，為植物生長提供良好的生長濕度;
3、節水、增產效果明顯，抗堵塞性能優于滴灌。
食用菌灌溉過程中經常出現的問題：
①菌株噴水貼生型菌株耐濕性強，出菇密，需水量大。同等條件下，噴水量比氣生型菌株多。噴水時和噴水后，不可馬上關閉菇房門窗，避免菌床菌絲缺氧窒息衰退，防止菇體表面游離水滯留過長產生斑點。
②氣候噴水晴朗干燥天氣，菇房噴水量要多;陰雨、潮濕天氣，要停水或少噴水。
③溫度噴水氣溫適宜時應當多噴水;氣溫偏高或偏低時，要少噴水、不噴水或擇時噴水。避免菇房高溫高濕，造成菌床菌絲萎縮，死菇增多和誘發 病害。但床面菇體長至1厘米以上時，不一概停水，若需噴水 也應選擇早晚或夜間進行。
④噴水如菇棚漏氣嚴重，保濕性能差，要多噴水，少通風;反之噴水量要適當減少，通風量增多。四忌采菇 前噴水，采菇的菌床至少提前2小時噴水通風后，方能進行采收。防止濕菇體采收時與手接觸，變紅或產生色斑。
