菇木上堆后，要在堆垛上覆蓋樹枝樹葉以保溫保濕。三月底以前接種的菇木，最好用塑料薄膜覆蓋，并且每隔4~5天在中午氣溫高時揭開薄膜兩側通風。接種后20天左右，如接種孔呈現白或黃褐色，則表明菌絲生長正常;如接種孔呈黑色，則表明菌種已死，應補種。香菇菇木的發菌管理主要做好如下工作：
(1)遮蔭控溫
堆垛前期適值春暖，四周和堆垛蓋小樹枝葉，再覆蓋一層塑料薄膜即可。菌絲定植后，如堆內溫度超過20℃，應將薄膜去掉，并在四周和垛頂上蓋較粗的樹枝，以利通風換氣。谷雨后，天氣日暖，南方多雨，此時最好將地面遮蔭改為搭涼棚遮蔭。小暑以后，進入高溫季節，要適當加厚遮蔭，避免高溫影響發菌。
(2)噴水調濕
夏季氣溫高，菇場水分蒸發快，除了遮陽降溫外，還要注意保濕。尤其是天氣晴熱干燥時，更要注意噴水。如連續半月晴天，每次要噴水1~2h，噴水時間最好在下午五時以后。 通過1~2個月的定植發菌后，氣候已逐漸轉暖，正是雜菌孳生的時期。
(3)通風防污染
為防止雜菌污染，必須在保暖的前提下注意加強通風換氣。
(4)翻堆
菇木所處位置不同，溫濕條件不一致，發菌效果也不一樣。為使菇木發菌一致，必須定時進行翻堆。翻堆就是將菇木上下左右內外調換一下位置。第一次翻堆應在定植后30~50天內進行，以后隨著氣溫升高，每隔10~15天翻堆一次。勤翻堆可加強通風換氣，抑制木霍等雜菌污染。翻堆時要注意保護樹皮，出蕾后應停止翻堆。
出菇管理
段木接種后，經過春、夏幾個月的發菌和養菌，菇木內菌絲已發育成熟，較細的菇木已具備出菇條件(較粗菇木或某些樹種，往往要經過兩個夏季才能大量出菇)，如菇木樹皮顏色鮮明而有光澤，敲打時發出濁音，樹皮柔軟而有彈性，粗糙不平或有瘤狀突起，皮下呈黃褐色，發出濃厚的香菇氣味，此時應立木出菇，并進行溫、光、水、氣調節。立木前要澆一次水催菇蕾，要細水輕澆，也可連續輕澆24h，使菇木充分吸水達60%，然后覆蓋薄膜保溫保濕，促生菇蕾。當菇木大量現蕾時，即可立木出菇。
立木場要具備七分陰三分陽，空氣濕度略高，排水良好等條件。立木前應將地面打掃干凈，架設人字形木杈，木權上再綁一根長橫木，橫木距地面60~70cm，再將菇木成人字形交錯排放在橫木上。人字形菇木應南北向排放，以利受光均勻。立木后要輕噴勤噴水，保持菇場空氣濕度85%左右。有條件的應在菇場安裝噴水設備，設立風障，這些都是獲得高產的有效措施。
