病蟲害是影響香菇產量和質量的一大因素，防治病蟲害是香菇栽培的重要內容。病蟲害防治以防為主，防治結合，主要是防。必須使用化學藥物防治病蟲害要選擇國家允許的農藥，嚴格按照國家規定的安全用藥標準施用。
幼蕾死菇
幼蕾對外界適應性差，如果管理上失控，就會發生菇蕾萎死。防止幼蕾死亡的措施主要做好："五控制、五防止"。
(1)控制溫度，防止凍死
秋栽香菇進入冬季，多遇寒流。當氣溫降至5°C以下，并持續幾天時就會把幼蕾凍死，表現菇蕾發軟。冬季幼蕾發生后，要注意天氣預報，以防凍死幼蕾，遇5°C以下天氣時，采取火道加溫。
(2)控制溫度，防止干死
冬季氣候干燥，一般空氣相對濕度在40%左右。這樣的環境條件幼蕾易干死。干死的幼蕾變"硬釘"。防止幼蕾干死，可向菇棚內地面灑水或將水蒸氣通入菇棚來提高空氣相對濕度。
(3)控制通風，防止菇死
幼蕾期不能讓風直接吹幼蕾，以免菇體表面水分蒸發過快，造成菇體失水時間過長、過多而枯死。在幼蕾生長期蓋好棚膜，需要通風時可在無風天氣，短時間揭膜通風，并及時覆膜保濕。
(4)控制氣害，防止毒死
冬季棚內升溫，其燃燒的氣體，易造成幼蕾二氧化碳、二氧化硫和一氧化碳中毒而死。菇棚內加溫時，要采取火道通過煙囪，把廢煙排出菇棚內;棚內要定期通風，排出有害氣體。
(5)控制溫標，防止烤死
催花時加溫過高，往往會將整批幼菇全部烤死。菇蕾生長的最高溫度為20°C，催花時溫度不宜升得太高，且時間要短。同時加強通風排濕。
幼蕾發生死亡的五種現象，有些是互相聯系的。因此，在管理中要調控好溫、光、濕、氣等環境因素，使幼蕾健壯生長。
香菇采收后期菇肉薄、蓋小柄長是怎么回事?
香菇出菇時間長，前期由于菌塊內養分充足，氣溫較低，子實體生長緩慢，菇體蓋大、肉厚、柄短，質地密實;而后期由于菌塊養分消耗較多，加之氣溫高，子實體生長速度快，菇體蓋小、肉薄、柄長、質地疏松，其商品價值和出菇量都顯著降低。實踐證明，采用降低菌塊含水量和環境濕度的方法，使子實體在較為不利的環境中生長成熟，可以使后期香菇質量得到改善。具體做法：
(1)縮短補水浸泡時間，使菌塊含水量在70%左右(比常規減少10%)，撈出來稍瀝干后再進行覆膜管理。
(2)在菇蕾大量產生，菇蓋直徑達1.5厘米左右時，揭去薄膜使其在自然濕度環境中生長發育，陰雨天不噴水，晴天每天下午5～6時噴一次重水，菇長至七八分成熟時采摘。究其原因，主要是由于菌塊在含水量較低，高溫低濕的環境中，子實體內養分輸送減緩，子實體現蕾至采收時間延長，有利于養分在子實體內積累，長成的菇質量較好。
