1. 牢固樹立綜合防治的“大防治”觀念
食用菌病害的發生、發展甚至流行，都有其一定的規律。表面上看病害僅在某一生產環節出現，但是病害的發生是有一定的條件的。如果某項條件不能滿足，則病害的發生就可能減輕，降低甚至無法發生，或者即將發生也不能造成危害。因此，防病應從源頭抓起，并至生產結束為止，中間任何環節都不能放松，杜絕病害發生的條件。
2. 選用優良的脫毒菌種
選用優良的脫毒菌種是確保菌絲健壯，提高菌絲抗性最有效的措施，脫毒菌種有兩大優勢：①自身不攜帶任何病毒病菌;②對外界環境條件適應，在逐漸的生長發育過程中提高抗病性，抗病性強。
3. 菇棚及環境嚴格消毒
菇棚消毒是消滅殘存病毒、病菌的主要手段。首先，菇農要清理菇棚周邊環境，要打掃干凈，并多次噴灑500倍液的多菌靈類殺菌劑。其次，對老菇棚要清理地面殘留菌物。然后對墻體、邊角、通風孔、地面等進行徹底噴灑消毒，最后關閉門窗進行熏蒸消毒。
4. 對覆土材料進行有效處理
對覆土材料進行有效處理是防止帶病進棚的重要環節。覆土宜采用暴曬、藥物、堆悶等結合的方法。造好覆土后，先在硬化的地面暴曬，隨時翻動，覆土粒保持在0.5厘米以下的粒度，然后用100倍液食用菌祛病王溶液邊噴邊翻動，反復2次，最后覆膜堆悶備用。
5. 基料處理要嚴格
基料是確保不帶病進棚的關鍵環節，該階段包括干料的暴曬、拌料堆放和發酵規范化裝袋、培養發菌等重要的過程，要搞好環境及配料的滅菌。
6. 菇棚內經常噴灑殺菌劑
噴灑殺菌劑是出菇過程中的主要預防手段，自菌袋或基料進棚后，應經常噴灑消毒藥物，經常通風檢查，及時處理雜菌感染，以達預防病害的目的。
7. 將病害消滅在菇芽之中
初發之時，是防治病害大量繁殖到成危害的主要時期，初發之時應進行徹底處理，對發病處理過的病區要用生石灰消毒液進行消毒，人行道也要撒生石灰消毒液，以防腳底帶菌。
8. 有效防治和殺滅害蟲
在食用菌生產過程中，害蟲是一大危害。害蟲會攜帶大量病菌，一旦進棚，即可形成病源，到處傳播。因此，不可忽視對蟲害的控制和殺滅。主要措施有清理外部環境，噴施藥物于配料環境上，用熏蒸法熏殺螨蟲等，發現蟲害后，采取毒餌誘殺方式，效果較好。
