在自然界中，空氣、水、土壤、動植物體內外，以及各種物品上都存在大量的微生物。制備食用菌菌種，要用有效的方法抑制其它微生物生長，創造有利于食用菌生長的環境條件，這就需要我們在食用菌生產中對各個環節進行消毒。消毒可分為：低溫消毒、沸水消毒和化學藥劑消毒三種方法。
低溫消毒
低溫消毒就是在60-75度的溫度下消毒。低溫消毒可把大部分微生物的營養細胞殺死，如培養料的發酵過程既是一個低溫消毒過程，可以有效殺死生料中的有害雜菌及害蟲。
沸水消毒
沸水消毒就是在沸水中煮沸30-40分鐘，以殺死微生物的營養細胞。若要殺死細菌的芽孢或霉菌的孢子，則需延長煮沸時間達2小時以上，主要用于金屬接種器具、針筒等的消毒。
化學藥劑消毒
化學藥劑消毒是利用化學藥物進行殺死微生物的方法。
(1)常用于消毒的消毒劑有：用于熏蒸，空氣消毒的主要是37%-40%的甲醛原液;用于噴灑地面、墻壁消毒的有：5%的石碳酸溶液、2%-5%的漂白粉溶液、1%-2%的來蘇爾、波爾多液(1：1的硫酸銅、石灰稀釋配置成100-200倍的溶液)等。
注意：操作者進入菇房時盡量將甲醛氣體排盡。
(2)用于接種室、器械、菇木表面等消毒劑：接種時臺面、器械、菇木表面、接種人員的手等常用70%-75%的酒精消毒，不可用無水乙醇及95%的乙醇。此外，還可以用5%的甲醛、0.25%新潔爾滅、0.1%的升汞溶液、0.1%-0.2%的高錳酸鉀溶液等進行消毒。
