目前全國推廣的平菇菌株中，按菌柄的硬軟程度大體可分為硬柄型與軟柄型兩種。
硬柄型平菇菌株吸水性差，所以在噴水時，水分稍微大一點并無多大妨礙，多余的水分在子實體飽和吸收之前就已經流走，一般不會影響子實體的正常新陳代謝，所以硬柄型平菇一般不會感染黃菇病等細菌性病害。而軟柄型平菇菌株的子實體組織像海綿一樣，吸水性相當強，當噴水時，子實體上的水分會很快被吸收，子實體的含水量很容易飽和，其含水量過大時，子實體特別是幼小菇蕾的新陳代謝會受到影響，會出現發黃死亡的現象，這就是軟柄型平菇容易發生黃菇病的原因。因此，菌株不同，管理措施也不同。需要指出的是，在平菇栽培過程中，應堅決杜絕用大水噴灌子實體，尤其是軟柄型平菇。增加濕度可采取往地面灌水和往子實體上噴輕水霧的方法。
在耐高溫方面，軟柄型平菇菌株具有明顯的優勢，在全國推廣的早秋類品種中，軟柄型平菇菌株約占90%，而且軟柄型平菇菌株的色澤較深，早秋及春季出菇顏色好，柄短質量優。因此，軟柄型平菇菌株是早秋及春季栽培平菇的首選。軟柄型平菇菌株在低溫條件下的商品性表現不如硬柄型平菇菌株，在低溫條件下，軟柄型平菇菌株容易出現低溫凍害，在子實體上會出現很多突起的瘤子，嚴重影響商品性；而硬柄型平菇菌株在低溫條件下，子實體可保持光滑圓整。因此，在秋冬季栽培平菇，可優先選擇硬柄型平菇菌株。當然，如果有良好的保溫設施，也可以將軟柄型平菇菌株作為秋冬季的主栽品種。
在噴水管理上，要注意低溫季節噴水應在中午前后溫度高時進行，盡量不要在傍晚封棚前進行。在低溫季節子實體生長慢，噴水次數應適減少，以防子實體吸水過大發生黃菇病等細菌性病害，栽培軟柄型平菇菌株時更應該注意。低溫季節噴水，一天可噴1~2次；在早秋等高溫季節栽培平菇，需要給子實體補充水分以降低溫度，噴水次數應適當增加，一天可噴3~4次，雨天看情況可不噴或少噴水，硬柄型平菇的噴水次數應該比軟柄型平菇適當多一點。
