生產實踐表明，栽培草菇常常會遇到以下六個方面的問題，必須引起高度重視。
1．出現群菇
原因是料面播種量過大，會出現群菇。所以播種量宜控在0．2-0.3公斤／平米。
2．菌種老化
如果使用的母種是連續三次以上都通過子實體組織分離而來，而且保種不用專用培養基，轉管培養次數多，培養種培養時間超過一個月，從母種到栽培種都見光培養，就會使菌種老化，生產力明顯下降。
這類菌種用于栽培，產量不高，嚴重的連第二批菇都收不到。
為防止上述情況發生，在用子實體組織分離菌種時，最好選用幼齡菌蕾的菌褶作為分離材料，使用二年之后，就要改用多孢分離菌種一次，保種要用專用培養基或天然培養基。
3．溫差過大
草菇在于實體發生期間，通風和噴水管理，都必須服從使栽培環境盡量維持恒溫這個前提．急速的溫濕差變化，會使小菇全部死亡。
所以通風只能緩緩進行，還要密切注意氣候的突然變化，大風天嚴禁開窗通風。噴水時要注意使用的水，水溫要與室溫一致。否則不能使用．
4．培養料酸化
酸化的培養料，菌絲生長稀弱無力、無光澤感；子實體發生的既少又小、而且菌膜薄易開傘。同時還會發生大量的鬼傘菌。防止酸化的方法，除配制培養料時注意調好。
ph值之外，還應將播種后的水分管理用水，改為噴石灰水(1～3%)。
5．蹋料
過松的培養料，容易出現蹋料現象，而且還比較嚴重。易造成菌絲斷裂，培養料變薄，出菇大量減少。所以，在建床和播種時，一定要注意將培養料壓實。
6．病蟲害
使用變質原料或培養料發酵、消毒等預處理不徹底，或在不衛生的場所栽培，都容易導致雜菌和害蟲大量發生，使床面幼菇大量死亡、僵化腐爛或致畸形。
防止辦法就是在做培養料前進行消好毒。
