靈芝栽培種制作的工藝流程是拌料→裝瓶(袋)→滅菌→接種→菌種培養。
一、常用靈芝栽培種培養料配方
(一)木屑74％，玉米粉24％，石膏l％，蔗糖1％，含水60％-65％。
(二)棉籽殼78％，米糠或麥麩20％，石膏或石灰1％，蔗糖1％，含水量60％-65％。
(三)木屑40％，棉籽殼40％，玉米粉18％，石膏l％，蔗糖1％，含水量60％-65％。
(四)木屑78％，米糠或麥鼓15％，玉米粉5％，石膏、蔗糖各l％，含水量60％-65％。
三、裝瓶或裝袋
栽培種可瓶裝，也可袋裝，瓶裝方法與原種制作方法相同。 裝袋的方法：作栽培種的袋子一般選用規格為17x 33米的折角袋。高壓滅菌則選用聚丙烯塑料袋，常壓則可用聚乙烯袋。折角袋必須厚薄均勻，無砂眼。裝袋時，先把折角袋的四個角用培養料充實，左手扯袋，右手灌充培養料。裝袋松緊要適當，一般裝袋長的二分之一，然后表面用手壓實，培養料裝好后，套上套環，蓋上套蓋，也可用纖維繩或橡皮筋扎好。
四、滅茵
瓶裝栽培種滅菌方法與原種滅菌方法相同。
五、接種
滅菌后的瓶子或袋料從鍋中取出，冷卻到室溫。搬運時動作要輕。移入接種箱接種，接種方法與原種接種方法大致相同。接種時，先將原種瓶裝菌種表面老化的菌皮除去，用鑷子夾取蠶豆大的菌絲塊，解開棉塞或套環，迅速移入瓶或塑料袋中，再塞上棉塞或扎好袋口。一般一瓶原種接30-40瓶(袋)。栽培種，適當加大菌種量可促進菌絲"吃"料。
六、栽培種的培養
裁培種接好以后小心移入培養室中培養，方法與原種的培養大致相同。瓶子和袋子一般放在培養室的培養架上，擺放時，如是菌袋不宜堆放太高太緊，否則袋料通氣不良，影響茵絲生長，且散熱難，溫度容易上升，易產生燒堆使菌絲燒壞，影響菌種質量。
