優良的草菇菌種應是菌絲生活力強，產量高、產菇質量好。優質草菇應該是包皮厚、有韌性、不易開傘，菇形好，有光澤，食用時口感好，有風味。
自然留種：在一些邊遠的、沒有現代制種設備和技術的地方仍有采用此方法。
1、舊草種：菇畦采完第一批菇后，第二批菇要長出時，選擇產菇多，幼菇生長一致，菌絲旺盛，無病蟲害的部位，把稻草抽出，在通風處陰干后，存入清潔干燥的瓦缸內，用土封口保存。第二年種菇前一個月，把草種取出，撒上米糠和水，堆漚三天，即可作菌種用。
2、菌蓋種：選肥大的，開傘后，菌褶變紅色的菇，采下：剪去菇柄串好，在通風處陰干，用干凈紙包好，放入缸中保存。第二年種菇前把干菇取出在水中泡1～2小時，用浸過菇的水作菌種淋在種菇的稻草上，即可通過孢子產生新菌絲體。
純種制備：只有通過純種制備才能獲得優良菌種。
1、母種制備：用孢子分離法或組織分離法。選取第一批菇的第二天出現的七到八成熟的，外形好、色澤好、無病蟲害、單生或三兩個群生的菇體進行分離。培養基 可用：（1）馬鈴薯葡萄糖培養基，（2）馬鈴薯200克、蔗糖20克、酵母膏6克、硫酸銨3克、瓊脂20克、水1000毫升，酸堿度7.2～7.4。分離 后在30～35攝氏度環境中培養8～10天，菌絲體從白色至微黃再到有紅褐色厚垣孢子出現，即菌種成熟。
2、原種和栽培種的制備：原種是從母種擴大移接得到，原種可擴大制作成栽培種，也可直接作栽培種用。原種和栽培種的培養基和種瓶相同，接種方法也基本相同。
培養基可用：（1）稻草80%切成3～4厘米小段，米糠或麩皮20%，水適量。做法：把稻草切碎，浸水16～24小時，濾干水后加入米糠、拌勻，含水量以手握料指間微有水滲出為宜，分裝于750毫升菌種瓶，每天以121攝氏度滅菌30分鐘，連續滅菌二天。（2）麥粒86%，谷殼8.6%，牛糞粉4.3%，碳酸鈣0.4%，磷酸二氫鉀0.2%，石灰0.5%。做法：參照麥粒種制作方法。一支斜面母種可接 4～6瓶原種，一瓶原種可接40～50瓶栽培種。母種應控制轉管不超過五次，以保持菌絲活力。原種也不宜增加轉代。否則，會因轉代多而造成菌絲活力下降、 菌種退化。原種、栽培種接種后可在30～32攝氏度中培養，菌線向瓶底生長，接近成熟時，把培養溫度調在28～30攝氏度，有利于增強形成子實體的能力。 成熟菌種可在瓶壁上看到內部紅褐色的菌塊。
