一、菌種容器污染主要原因：
1．裝瓶(袋)、接種及運輸過程中未輕拿輕放或機械破損所致；
2．滅菌時溫度急驟上升或壓力急驟上升、下降、排氣速度過快，致使容器破裂造成污染。
二、棉塞或套環污染主要原因：
1．試管口或瓶口未洗干凈，沾有培養基或培養基與棉塞接觸；
2．棉塞或套環被打濕；
3．滅菌時疊放不當，加水過多，培養料濕度太大。
三、接種時發生污染主要原因：
1．接種室、接種箱消毒不嚴，密封不好；
2．接母種時，超凈工作臺未提前開機；
3．接種時工具及操作人員雙手未消毒或消毒不嚴；
4．未嚴格遵守無菌操作規程。
四、拌料污染主要原因：
1．拌料時主料與輔料未充分拌勻；
2．水分含量不足或培養料成團未散開，吃水不透造成滅菌死角；
3．培養料不新鮮，本身帶雜。
五、母種帶雜主要原因：
1．培養過程中未定期清除雜菌：
2．轉管或擴接母種前隨拿隨用，未仔細檢查，錯用帶雜母種。
六、滅菌發生污染主要原因：
1．常壓滅菌時間不夠或溫度不夠；
2．高壓滅菌時未排盡冷空氣或排冷氣太快；
3．裝鍋時擺放太緊密，通氣性不好，滅菌不徹底；
4．滅菌鍋發生漏氣，溫度、壓力達不到所需數值。
七、培養時發生污染主要原因：
1．培養室溫度太高，雜菌易生長；
2．培養室相對濕度太大，超過70％以上利于雜菌滋生；
3．培養室通氣不良，有利于某些厭氧菌發生；
4．培養室本身不干凈，消毒不嚴，空氣中本身帶雜；
5．蝸類、鼠類等害蟲危害菌袋，帶人雜菌。
