只要品種優良、母種生長良好、培養基適宜、滅菌徹底、接種操作規范、培養條件適合，那么就能夠生產出優良的原種或栽培種。然而在生產實踐中，卻常出現這樣或那樣的問題，影響菌種質量及生產計劃。
接種后萌發不正常
主要表現為兩種情況：一是不萌發或萌發緩慢；二是萌發出的菌絲纖細無力，擴展緩慢。分析的思路應為，培養溫度→培養基含水量→培養基原料質量→滅菌規程及效果→母種。對于接種物不萌發，或萌發緩慢，或擴展緩慢來說，這幾個方面的因素必有其一，甚至可能是多因子共同影響。
1.培養溫度過高：造成接種物不萌發、萌發遲緩、生長遲緩。
2.含水量過低或過高：盡管拌料時加水量充足，但由于拌料不均勻，造成培養基含水量的差異，含水量過低的菌種瓶(袋)接種物常干枯而死。培養基含水量過高則造成萌發后的菌絲蔓延艱難。
3.培養基原料霉變：正處霉變期的原料中有大量有害物質，有些物質耐熱性強，高溫下不易分解變性，甚至在高壓、高溫滅菌后仍保留其毒性，接種后，菌種不萌發。
4.滅菌不徹底：導致培養基中殘留和繼續繁殖增加的是細菌，而不是真菌。多數情況下無肉眼可見的菌落。有時在含水量過大的瓶(袋)壁上，或在培養基的顆粒間，可見到灰白色的菌膜。這一原因可通過分離培養得到證實。
5.種菌齡過長：應使用菌齡適當的母種，多種食用菌母種使用最佳菌齡是在長滿斜面后1—5天。在計劃周密的情況下，母種和原種生產的緊密銜接是完全可行的。若母種長滿斜面后1星期內不使用，要及早置于4－6℃下保存。
發菌不好
發菌不好的表現多種多樣，常見的有生長緩慢，生長過快但菌絲纖細稀疏，生長不均勻，菌絲不飽滿，色澤灰暗等。造成發菌不良的原因主要有：
1.培養基酸堿度不適：可將發菌不良的菌種瓶(袋)的培養基挖出，用pH試紙測試。
2.原料中混有毒害物質：如松、杉、柏、樟等樹種的木屑；原料霉變，產生霉菌毒素。
3.滅菌不徹底：培養基中生長有肉眼看不見的細菌等。
4.裝料過緊：水分過少，透氣性差。
5.培養室溫度或濕度過高：空氣流通交換不夠。
6.培養基含水量過大，裝得過緊：這種情況下，往往長至瓶(袋)中下部后，菌絲生長變緩，甚至不再繼續生長。
