食用菌栽培時一般需要調整好培養料的碳氮比，以獲得優質高產。因為碳氮比過高或過低都會影響產量。如果培養基碳氮比過高（如稻草碳氮比80：1），在碳素被食用菌全部利用前氮素已被全部消耗，從而使分解速度減慢，原來的食用菌細胞會有一部份死亡，這些菌體蛋白又成為活著的菌絲分解所需的氮源，其結果是出菇早、產量低。有些食用菌能生長在碳氮比非常高的木材基物上，如變色多孔菌，可在樹樁上形成子實體。食用菌在缺氮情況下，僅有的氮供給主要代謝過程，如形成核酸和解聚酶。有些食用菌還能再利用衰死菌絲的氮，也就是在老化的菌絲體或子實體生長出新的菌絲體現象。如果培養基碳氮比過低，如鮮草碳氮比15：1，新鮮豆科植物碳氮比低于10：1，超過食用菌所需要的氮，在分解過程中大量的氮被其他生物利用，使食用菌不出菇或出菇延遲。
食用菌菌種的生產主要是為了獲得強壯的菌絲體（菌種），故應該首先考慮水、氣之間關系協調以及菌絲生長速度的快慢，菌絲體是否強壯，有無雜菌污染等方面的問題，其次再考慮培養基中養分的基本合理性，所以菌種生產不以培養基中的碳氮比為主（當然適當增加氮源會使菌絲更濃白，但相應會增加污染機率）。
