覆土后的管理：從覆土至出菇約需15-20天，其間不僅要促進菌絲在料和土中的生長，又要使菌絲在土層中不板結成塊，為以后出菇打下基礎，在這階段要注意水分管理和菇房通風，要求菇房溫度在18℃，保持相對濕度85-95％。
雙孢菇出菇管理：臨將出菇前3天左右，關門吊菌絲，當菌絲達到土表，沒大面積出土，打一次扭結水，之后2-3天菌絲扭結出菇，表土層出現小黃米大小的菇蕾，打出菇水（覆土后15天左右），每天噴水一次，連續噴2-3天。此時菇房溫度應在18℃左右，低于15℃，或高于20℃均不宜噴水。再過7-10天子實體長到黃豆大小，加大通風換氣，并保持菇房溫度10℃左右，當氣溫在18℃以上時，可進行夜間通風，低于18℃，白天通風，加強噴水量，空氣相對濕度90-95％。
出菇期間的追肥，每潮菇采收后可進行一次追肥，可使用尿素0.5％溶液進行噴施?；虿捎霉礁鶞?，即將鮮菇根腳沖洗后。加水煮沸10-15分鐘，取其過濾液，再加清水10-20倍噴施，對小菇生長有促進作用。
采收：當蘑菇長至3-5cm大小時，進行采收，潮菇明顯，一潮菇約4-5天，每次采菇結束后，應將采菇留下的空穴用濕潤的細土粒補平，保持畦面平整，撿出床面上剩余菇腳及死菇，養菌絲約2-3天，再噴水。等待新的潮菇出現。一般可采收2-3個月，每平方米產量可達10-15kg。
菇房、培養料、工具、覆土的消毒和清潔工作。
對菇房及菇床的管理，特別注意水分管理，防止過干過濕，引起病害發生，及時清除病菇，并用石灰粉對病菇生長處進行消費。
發現病蟲，及時防治，注意防治鼠害發生。
果蠅的防治：加強通風換氣，防止高溫、高濕。蟲害發生時可停水使床面干燥，讓幼蟲因缺水而死，可用0.3％氯氰菊酯噴殺。
褐斑病的防治：病發生時應加強通風，降低棚內溫、濕度，清除病菇，用0.5％的石灰水進行消毒。
