經過滅菌的塑料袋必須冷卻至25℃左右時方可接種。一般是塑料袋滅菌后的第二天即可接種，夏天不超過3d，冬天不超過5d接種為好。否則不僅培養基易失水，而且污染率高。接種的關鍵是嚴格無菌操作，正確掌握熟練的接種技術，動作力求準確迅速。接種前要先做好兩項準備工作：一是選擇質量合格的菌種，菌齡以不超過2個月的為宜。若菌種瓶中長有小原基的菌種，只要時間短，原基未發生腐爛或變色的，仍可使用。接種時把原基棄除即可。而已長出子實體且菌蓋又開傘的菌種，因已彈射出擔孢子，菌種純度降低不能使用。二是接種前要進行消毒，除去物品表面上的病原菌。常用的消毒劑有下面幾種：
(1)甲醛(福爾馬林 HCHO)：無色氣體，極易揮發且穿透力極強，有強烈的刺激味，會刺激人的皮膚、黏膜，其40％的水溶液稱之為福爾馬林。甲醛在冬季常會析出乳白色的聚合物。甲醛易與蛋白質(包括酶)結合而使蛋白質變性，引起菌種和芽孢死亡。甲醛或福爾馬林是一種強殺菌劑，常用于接種箱、接種室、培養室、栽培房的熏蒸消毒。揮發甲醛的方法有直接加熱法和氧化還原反應法兩種。直接加熱法是將福爾馬林置于容器中，直接在酒精燈上加熱蒸發；氧化還原法是甲醛與高錳酸鉀反應產生大量熱，使甲醛蒸發。
(2)高錳酸鉀(KMn04)：暗紫色棱狀晶體，強氧化劑。溶于水，呈紫紅色液體，具有強烈的腐蝕性。高錳酸鉀將酶的-SH基氧化為S-S基，使酶失活，導致菌體死亡，是一種高效的消毒劑。0.1％濃度的高錳酸鉀水溶液作用10~30min即可殺死微生物的營養體。2％~3％溶液短時間作用可導致菌體和芽孢的死亡。其水溶液暴露在空氣中易分解，應隨配隨用。
(3)漂白粉[主要成分為次氯酸鈣Ca(Ocl)2]：白色顆粒粉末，有氯臭，極易潮解，易溶于水、不穩定，遇二氧化碳、光、熱分解。本品含氯量為25％，呈堿性。次氯酸鈣加水可分解生成次氯酸(HOCl)，有較強的殺菌作用。殺菌原因是由于它在分解時釋放出氧氣和初生氧(O)。O和Cl2的聯合作用，侵入細胞與菌體蛋白內使酶發生氧化，促使細胞和病毒死亡。新鮮的有效氯極易揮發失效，需密封，以防潮解。通常使用濃度為2％~5％的水溶液，隨配隨用，不能久放。直接噴灑地面，用量為20~40g／m2。
(4)酒精(乙醇 CH3CH20H)：無色透明液體，易揮發，有強烈的酒氣味，易燃，沸點為78.5℃，可與水任意混溶。使用乙醇消毒，濃度為70％，作用5min即可殺死細胞營養體，對真菌孢子則需要30~60min。乙醇能使蛋白質脫水變性，干擾微生物新陳代謝，抑制其繁殖。95％乙醇殺菌能力反而減弱，因為它接觸菌體后，立即引起菌體表面蛋白質的凝固，形成保護膜，不易滲透入細胞內，故殺菌能力減弱；而70％酒精能滲入菌體細胞，解脫蛋白質表面的水膜，引起新陳代謝障礙，使其失去活性，故有較強的殺菌力。用95％的酒精700ml加水250ml即配成70％的酒精950ml。70％的酒精常用于手的消毒及橡膠手套等制品的消毒。
(5)石炭酸(苯酚 C6H50H)：低溫下的苯酚為無色或白色針狀、塊狀或三菱形晶體，有特殊氣味和腐蝕味。在空氣中易氧化變紅色，熔點為42~43℃。65℃以上能與水任意混合。石炭酸可殺死微生物的營養體，高濃度下可裂解并穿透細胞壁，使菌體蛋白凝聚沉淀；低濃度下可使細胞的主要酶系統失去活性，一般用5％苯酚水溶液作為消毒劑，配制時，先用熱水溶化，再加入所需的量。
(6)來蘇兒(煤酚皂溶液 C6H4OHCH3)：黃棕色至紅棕色黏稠液體，有酚臭，甲酚含量為48％~52％。來蘇兒的殺菌力為石炭酸的4倍，殺菌機理與石炭酸相同。1％~2％來蘇兒溶液可用于皮膚浸泡(2min)，2％~3％可用于噴灑消毒。常與新潔爾滅、石炭酸等交叉使用于接種箱、無菌室、培養室消毒。
(7)新潔爾滅(十二烷基二甲基苯甲基溴化銨 C2lH38NBr)：淡黃色膠體狀，是陽離子型的表面活化殺菌劑，多作用于菌體的表面，通過陰陽電荷結合，破壞菌體外膜結構，從而改變細胞壁透性，使菌體腫脹死亡。對無芽孢病原菌、霉菌等具有較強的殺菌作用，效果為石炭酸的幾十倍，消毒特點是快速、徹底、高效。新潔爾滅濃度為5％，使用時可稀釋20倍，即0.25％濃度，一般用于接種箱、玻璃器皿表面消毒，不適于橡膠手套的消毒，對皮膚及黏膜有輕度刺激，配制后可存放1個月，當溶液呈現顯著黃色或產生較多沉淀時，即應廢棄。
(8)硫磺：淡黃色結晶或粉末，易燃，發出藍色光，產生二氧硫(SO2)，對雜菌有較強的殺菌能力，若增加空氣濕度，二氧化硫和水結合為亞硫酸，能顯著增強殺菌效果。常用于熏蒸接種室、培養室。每立方米空間用15g左右為宜。對于周圍環境衛生狀況較差的培養室或栽培室，使用硫磺熏蒸既經濟，效果又好。
