金針菇栽培管理中，因出菇期不宜直接向子實體和料內噴水，所以采收二潮菇后培養料內嚴重缺水，很難再出菇，菇農因此放棄管理，導致產量偏低，生物轉化率一般只達130%左右。
金針菇料內含水量的多少與產量、質量的高低均成正比。
因此，在出菇期改變常規的管理辦法，適時加強水肥管理，可取得理想的效果。方法是：當菌絲體達到生理成熟后，將菌袋從發菌室迅速移到大棚內的栽培架上開袋催蕾出菇。進袋前先在菇床上墊上薄膜再擺袋，并將墊底膜四周抬高2cm，向膜內加入0．5cm深的水，袋口表面及四周用黑色薄膜覆蓋避光，使光線較暗的膜內空間濕度能長期穩定在90%左右，有利于調節袋間溫度、濕度，達到出菇整齊的目的。頭潮菇采摘后，因料內水分已被大量消耗，必須及時向料內補充水分和追施營養液0．2kg，有利于二潮菇多出菇、出好菇。二潮菇采摘后，培養料已明顯收縮，料與袋壁之間有了一定的空隙，后期易從袋底及四周出菇，影響菇的質量。為了防止這一現象發生，可再次向袋內補一次水，每袋補水0．3kg，促使培養料吸水膨脹，多余水分則淹住袋底及四周袋壁，使其缺氧而在料面出菇。如此處理后可再出三潮菇。
如果長期通風不良，棚內空間濕度過高，極易導致密菇、不菇、長柄菇的發生，而且菇呈水浸狀，菌蓋發黃，嚴重時甚至引起多種病蟲害的發生。如果通風時間太長，空間濕度低，菇體鱗片會增多，影響商品外觀。因此，出菇期既要保持棚內氧氣充足、空氣暢通，又不使濕度變化太大，是實現雞腿菇優質高產的根本。
