袋栽食用菌用大頭針扎微孔，可增加氧氣，改善通氣條件，促進菌絲發育，有利于早出菇 （耳），提高產量和品質。打孔時應做到四注意：
打孔時間：一般應在栽培后3~5天進行。當菌絲變白萌發，并開始向培養料延伸時打孔。如打孔過早，菌絲還未萌動，容易感染雜菌；打孔過遲，菌絲在發育期缺氧，會影響菌絲生長。
打孔部位：選擇打孔位置時應嚴格控制在菌種層上或菌絲延伸處，尤其是菌種用量少、菌絲延伸慢時，更不能在菌袋上到處亂打孔，以免引起雜菌污染和蟲害。
打孔大小和數量：打孔一般用大頭針即可（在筷子或木片上綁2~3根針），每次每袋圍繞發菌層打7~10個孔，然后隨菌絲發育延伸，每隔5~7天繼續打孔。整個發菌期打3次孔即可。
打孔要靈活掌握：菇房（或出菇場）濕度較大、空間消毒不嚴、污染幾率較高時，可以推遲打孔，也可以不打孔。培養料顆粒較小、含水量偏高時，可適當提前打孔，并增加打孔數量；培養料顆粒較大、含水量偏低時，可以晚打孔；菌種老化，菌絲長勢弱，生長慢，應晚打孔。
