環境消毒新菇棚可以直接進入下一個環節，但室內培養要對房子內壁噴灑新潔爾滅消毒。用老菇棚做培養室時棚內壁要使用新潔爾滅消毒2～3次，地面在進行清污、整理以后要撒一層生石灰，然后再用新地膜鋪墊。
接種前消毒反季節香菇主要使用開放式接種，接種數量大、效果好。當菇棒溫度低于25℃時可以進行消毒準備。把握三個重點：一是準備好接種用的一切工具及種子，包括桌子、凳子、接種器、消毒液、棉花(19685,75.00,0.38%)、口罩、套袖、拖鞋、剝種刀、碗、廢物袋、消毒罩膜、消毒盒、打火機等，種子的用量要根據所需接種菇棒的數量確定，寧多勿少，避免因不夠用而造成中途停頓；二是對種子外包裝及接種用的一切工其進行消毒，方法是使用消毒液對種子外包裝、工具進行清洗；三是煙霧熏蒸。用消毒罩膜將菇棒、種子、工具等全部罩好、密封，點燃消毒盒密封，保持時間為2:5～3.5小時。
接種在做好徹底的消毒工作以后，須安排人員進行接種操作。在反季節香菇開放式接種的操作中，需要9個操作人員。對每個人員的要求：干凈衛生、洗頭發、換干凈衣服、剪指甲。接種前應在操作場地的入口處撒一層較厚的生石灰，在揭開消毒罩膜半小時后可以進行接種操作。接種前每個操作人員應戴口罩，兩次消毒洗手。具體的操作應由專業技術人員進行現場指導，總的要求是保持安靜，隨時注意消毒，動作要做到快而準確，一次性做完，中途不可以停頓。
