栽培草腐菌，如草菇、雞腿菇和雙孢菇以及用發酵料袋栽平菇時，一般采用自然發酵法達到原料腐熟，初步殺滅病菌蟲害的目的，但在實踐中存在很多問題：1.中心部位厭氧發酵變酸，而外層原料變干，溫度過低不足以殺滅病蟲害；２.多次翻堆散失了溫度，也增加了勞動量；３.常規的二次發酵是采用把原料置于封閉空間，分層放置，人工增溫的方法，雖然能彌補一次發酵的缺陷，但也存在設施要求高，耗費能源多的問題，普通農戶很難完成，并且人員進出封閉空間時，存在一定的危險性。
改良的二次發酵，是在原地進行，最大程度利用原料本身發生的熱量，添加少量輔助設備即可完成,步驟如下：
1、原料一次發酵
按常規方法建堆，原料經3d堆制，中心溫度達到40ºC左右時進行第一次翻堆，由于補充了氧氣，再經1—2d，堆溫可達70ºC，然后進行第二次翻堆，經2d原料基本腐熟，然后重新建堆，進行二次發酵。
2、簡易二次發酵法
2.1建堆要求
建堆時要求達到中空效果，可根據堆長平行放置三根木棍，下邊用磚墊起，中間一根略高，寬度約0.8m，再用麻袋蓋住，然后把原料輕翻到上面，即所謂的“地龍”，堆仍建成原來形狀，從中間橫插一根管子，至中空部位，然后把原料用塑料膜覆蓋，周圍用磚壓住，建堆完畢。
2.2巴氏滅菌階段
控溫發酵2—3d后，原料呈紅棕色，布滿大量白色放線菌，已達到發酵目的，最后進行巴氏滅菌：把通風管與蒸汽發生器相連，通入蒸汽，使原料溫度達到62—65ºC，維持10h，停止，巴氏滅菌可徹底殺滅有害生物。蒸汽發生器用舊柴油桶做成，頂部引出一個出汽管和上水閥門，置于灶上，加約2/3的水后，關閉進水閥門，燒火，水開后，出汽管產生蒸汽。當通氣發酵階段的措施可使溫度達到巴氏滅菌的溫度時，可不再使用蒸汽發生器。
2.3控溫發酵階段
建堆2d后檢查溫度，外層原料由于塑料膜保溫和日光照射，溫度可達45ºC左右，然后使用鼓風機與預留的管子相連，吹入新鮮空氣，加快堆內空氣循環,外層原料溫度很快上升,達到52—55ºC時停止，并用開鼓風機的頻率和時間長短來維持這一溫度，完成控溫發酵。
