能耗大
食用菌工廠化生產，如平菇的種植技術四則需要根據所生產的食用菌品種特性，創造溫、濕、光、氣等生活條件。這些條件的取得依賴于工業設備的不停運轉，需要消耗大量的能源。從目前情況看，食用菌工廠化生產主要是中溫、低溫型食用菌品種，需要在低溫環境出菇。因此，要實現連續出菇，必須有制冷設備的不間歇運轉，其電費消耗量相當驚人，如夏季生產杏鮑菇每月需要電費50元/m2，占運行成本的1/2。就企業而言，更多的是從經濟效益的角度來考慮能源問題。能源消耗決定生產成本的高低和經濟效益的好壞。而就全社會而言，能源的緊缺，已成為阻礙經濟發展的一大瓶頸，國家在大力提倡建立節約型社會，其中重要的就是要節約能源。從這個角度出發，食用菌工廠化生產節約能源應從以下3個方面整體考慮，即菇房設計、控制設計以及運行管理，這三者相輔相成、有機結合，才能真正實現企業的節能生產。
發菌期延長
杏鮑菇發菌時間因品種而異，一般是22～35d。若發菌期延長，原因主要有：
1、菌種活力弱。
2、菌瓶裝料過緊或含水量大于65%，菌袋內缺乏充足的氧氣，抑制了菌絲的生長速度。
3、發菌環境的溫度小于20℃，且通風不良，或者培養料的酸堿度不適宜，也會造成發菌緩慢。因此，在栽培時，首先要選擇優良的品種，是栽培成功的關鍵；還要注意裝料的松緊度，過緊則菌絲生長緩慢，過松則菌絲生長過快，松緊度為0.65g/cm3。850mL瓶裝料600～620g；含水量62%～65%；培養溫度20～25℃；濕度65%～70%；pH值為6.0～6.5。
滅菌不徹底
杏鮑菇栽培的滅菌效果，直接決定了栽培的成敗。不徹底的原因主要有：
1、拌料時培養料沒有吸透水，料內有生心，尤以木屑、玉米芯等質地較硬的培養料多見。
2、在滅菌過程中冷空氣沒有排盡，熱循環不好，出現了滅菌死角。
3、滅菌時間不足、滅菌過程中出現?；饠鄽?、滅菌鍋（罐）內菌袋擺放過多過緊，也會發生滅菌不徹底的現象。因此，在拌料時要注意讓培養料充分吸水，拌料均勻。滅菌過程中，要保證足夠的滅菌時間，即121℃滅菌90min，裝鍋時菌袋（瓶）的排放方式應避免出現死角，使熱量充分循環。
子實體多、商品率低
工廠化生產杏鮑菇，原基分化后，長出數量不等的小菇蕾。由于營養和空間的限制，若沒有進行疏菇蕾，這些菇蕾大部分不能長成商品菇，因此必須及時進行疏蕾。具體做法是：搔菌后入出菇室，瓶口向下翻入1個空筐，利于菌絲恢復生長，空氣濕度90%～95%，溫度12～15℃，適度通風。菌絲恢復生長后，濕度降至80%～85%，形成濕度差；光照500～800lx，CO2濃度0.1%以下，7～10d形成菇蕾。如果CO2濃度超過0.1%，則菇體畸形。菇蕾形成后再翻筐，使瓶口朝上育菇，溫度15～17℃，濕度90%～95%。用噴霧機調濕，不可向菇體直接噴水。當菇蕾長到花生米大小時，用小刀疏去畸形和部分過密菇蕾。每瓶應留3～4朵菇蕾。
