雙孢菇出菇期對菇的一生影響很大，在雙孢菇的整個生育期中占有重要的地位。由于溫度、濕度、通風、培養基、覆蓋物等原因，易使雙孢菇產生生理病害，導致幼菇菇體畸形，甚至死亡，品質下降，產量降低，造成不可挽回的損失。找出生理病害的成因，采取預防措施十分必要。
【死菇】 主要原因有①出菇密度大，營養供應不足。②高溫高濕，室內二氧化硫濃度過高，幼菇缺氧死亡。③機械損傷，在采菇時，周圍小菇受到碰撞。④培養基過干，覆土含水量過小。⑤幼菇期或低溫季節噴水量過多，導致菇體水腫黃化，潰爛死亡。⑥用藥不當，產生藥害。⑦秋菇遇寒流侵襲或春菇棚溫上升緩慢，造成溫差過大，導致死亡。⑧秋末溫度過高（超過25℃），春菇氣溫回升過快，連續幾天溫度超過20℃，適合菌絲體生長，菌絲體逐漸，恢復活性，吸收大量養分。易導致已形成的菇蕾產生養分倒流，使小菇因養分不足而成片死亡。⑨病原微生物侵染和蟲害，螨、跳蟲、菇蚊等泛濫。
【畸形菇】 主要原因有：①覆土過厚、過干，土粒過大，對菇體產生機械壓迫。②通風不良，室內二氧化碳濃度過大，出現柄長易開傘的畸形菇。③冬季室內燃煤加熱，因二氧化碳濃度超量產生的瘤狀突起。④藥害導致的畸形。⑤水分與溫度不協調而引發菌柄開裂，裂片卷起。⑥料內。覆土層含水量不足或空氣濕度偏低，出現平頂、凹心或鱗片。
【薄皮菇】 癥狀為菌蓋薄，開傘早，質量差。主要原因有：①培養料過薄、過干等。②覆土過薄，含水量不足。③出菇期遇到高溫、低濕、通風不良。④出菇密度大，溫度高，濕度大，子實體生長快，成熟早。
【硬開傘】 癥狀為提前開傘甚至菇蓋和菇柄脫離。主要原因有：①氣溫驟變，菇房出現10℃以上溫差及較大干濕差。②空氣濕度高而上層濕度低。③培養基養分供應不足。④菌種老化。⑤出菇太密，水分調節不當。
【地雷菇】 結菇部位深，甚至在覆土層以下，往往在長大以后才被發現。主要原因有：①培養基過濕、過厚或培養基內混有泥土。②覆土后溫度過低，菌絲未長出土層便開始扭結。③水分過大，產生“漏料”，土層與料層產生無菌絲的“夾層”，只能在夾層內結菇。④通風過多，土層過干。
【紅根菇】 菌蓋顏色正常，菇腳呈紅色或發綠色。主要原因有：①用水過量，通風不足。②肥害和藥害。③培養料偏酸。④采收前噴水。⑤運輸中受潮、積壓。
【水銹病】 表現為子實體上有銹色斑點，甚至斑點連片。主要是因為床面噴水后沒有及時通風，出菇環境溫度過高或過低。子實體上水滴滯留時間過長所致。
【空心菇】 癥狀為菇柄切削后有中空或白心現象。主要原因是氣溫超過20℃時，子實體生長過快，出菇密度大，空氣濕度在90%以下，覆土偏干，菇蓋表面水分蒸發量大造成的。
【磷片菇】 氣溫偏低，菇房濕度小，空氣干燥，因噴水等原因室內濕度突然升高，菌蓋便容易產生磷片。有時磷片是一些品種的固有特征。
【玟冠病】 菇體表面產生多孔狀粉紅色菌褶組織，呈小疣狀或蜂巢狀，病菇粉紅色或玫瑰色。通常是由烴類、酚類化合物等污染的覆土、水或空氣造成的。
